Question

我正在尝试将我的数据与用户定义的Gompertz方程拟合。但是，我收到如下错误：

nls中的错误（Eq，data = GPdata，start = list（K = 1），algorithm =“default”，：奇异梯度

我知道这可能意味着我的起始值不足以收敛，但除了猜测之外还有什么方法可以解决这个问题吗？我也尝试使用nls2函数（蛮力），扩展可能的K值的巨大向量来尝试但是收到了相同的错误。

这是我的代码，包括示例数据。

t = c(0, 2.4, 4, 5.9, 8.3, 10.2, 12, 14.5, 16.1, 17.8, 19, 21.1, 23, 24.7, 26.4, 28.3,
    30.4, 32.3, 34.2, 36)
Cells = c(14619994708, 18945074477, 19999450160, 23461507263, 22803949639, 19400861775,
        19806214226, 17390826226, 17390826226, 18186961935, 14066488593,
        13285017004, 11058253613, 8085853098, 9168523935, 8435042020, 
        8560592341, 7734294268, 7720887693, 7503367578)

GPdata = data.frame(t, Cells)

Ninf = (1 * 10 ^ 6) * (1 / 0.001)
Eq <- Cells ~ exp(log(Ninf) * (1 - exp(-K * t)))
Gompstart = nls(Eq, data = GPdata, start = list(K = 1), 
        algorithm = "default", trace = TRUE)

非常感谢任何帮助或建议。

谢谢！

Answer 1

1）请注意，对于所有t和K：

LHS >= min(LSH) = min(Cells) = 7503367578 > 1e9 = Ninf = max(RHS) >= RHS

因此LHS＆gt;所有t和K的RHS，因此该模型不起作用。

2）指数不会模拟上升然后下降的现象。

R nls适合自定义gompertz曲线

1 个答案: