Question

我有一个8行和12列的矩阵，随机分布10个不同的处理，9个重复，最终处理只有6个重复的矩阵。代码可能是多余的，但它是第一个想到的想法和工作。我只是想制定一个方案，以便我可以在实验室中轻松跟进，以避免错误：

library(ggplot2)
library(RColorBrewer)
library(reshape2)
library(scales)


replicates<-c(rep(seq(1:11),c(rep(9,10),6)));replicates
dimna<-list(c("A","B","C","D","E","F","G","H"),seq(1,12,1))
plate<-array(sample(replicates),dim=c(8,12),dimnames=dimna);plate
platec<-melt(plate);platec

guide<-ggplot(platec,aes(Var2,Var1,fill=factor(value))) + geom_tile()+geom_text(aes(fill=factor(value),label=value)) + ylim(rev(levels(platec$Var1))) + theme_bw() + theme(panel.grid.major.y=element_blank(),panel.grid.minor.y=element_blank(),panel.grid.major.x=element_blank(), axis.text.x=element_text(size=10), axis.title.y=element_blank(), axis.text.y=element_text(size=12)) + scale_fill_brewer(name="",palette="Spectral") + scale_x_continuous("",labels=c(seq(1,12,1)),breaks=c(seq(1,12,1)));guide

然而，现在想象我多次对随机矩阵进行测量。对于数据处理，我需要确定处理并在矩阵中复制。我可以在列的最后得到数据：

A1  A2  A3  A4  A5  A6  A7  A8
0.12    0.2 0.124   0.14    0.4 0.18    0.46    0.47
0.13    0.21    0.6 0   0   0.58    0.4 0.2
0.15    0.248   0.58    0.4 0.2 0.248   0.2 0.18
0.18    0.46    0.47    0.3 0.21    0.2 0.21    0.58
0.1784  0.14    0.95    0.7 0.248   0.21    0.248   0.248

。。

或按行方式：

A1  0.12    0.13    0.15    0.18    0.1784
A2  0.2 0.21    0.248   0.46    0.14
A3  0.124   0.6 0.58    0.47    0.95
A4  0.14    0   0.4 0.3 0.7
A5  0.4 0   0.2 0.21    0.248
A6  0.18    0.58    0.248   0.2 0.21
A7  0.46    0.4 0.2 0.21    0.248
A8  0.47    0.2 0.18    0.58    0.248

...

在 R 中是否存在一种方法，我可以将随机矩阵与我收集的数据联系起来，我不知道如何开始均匀。我真的很抱歉没有尝试，但我真的不知道如何开始

Answer 1

我想我知道你在问什么...让我知道这是否有意义。你需要先设计一个设计数据框 - 让我们制作一个假板：

Wells <- paste0(rep(LETTERS[1:8],each=12), rep(1:12, times = 8))
design <- data.frame(Wells, ID = sample(letters[1:10], 96, replace = TRUE))

然后当你得到你的结果时，假设它在一个数据框中（你的'rowwise fashion？'），你可以将它们合并在一起：

#dummy result data
result <- data.frame(Wells, measure = rnorm(96, 0.5))
result_whole <- merge(design, result)
head(result_whole)
#  Wells ID    measure
#1    A1  j -0.4408472
#2   A10  d -0.5852285
#3   A11  d  1.0379943
#4   A12  e  0.6917493
#5    A2  g  0.8126982
#6    A3  b  2.0218953

如果你的设计保持整洁，这非常简单。然后，您可以标记结果（在这种情况下为measure），但是您要跟踪所有结果。

我希望能解决你的问题......

治疗随机化

1 个答案: