Question

我正在尝试使用调用

从R中调用名为AMDIS的Windows程序

system("C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF")

为了在名为/S的文件上执行分析（使用CI23_Q_120828_01.CDF开关指定），但似乎无论我尝试什么文件都没有正确加载，大概是因为选项不会传递。有没有人知道我可能做错了什么？

现在这个命令

什么都不做，
弹出AMDIS，但它没有加载我指定的文件
给我错误

警告讯息：

运行命令'C：/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe / S. C：/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF” 状态为65535

（我不知道是什么导致同一命令的这些不同结果）

（AMDIS命令行选项在第8页的here中描述）

干杯，
汤姆

编辑：
发现它与前锋vs反斜杠有关 - 正在运行

system("C:\\NIST08\\AMDIS32\\AMDIS_32.EXE C:\\Users\\Ento\\Documents\\GCMS\\test_cataglyphis_iberica\\queens\\CI23_Q_120828_01.CDF /S /E")

似乎有效 - 谢谢大家的建议！

Answer 1

您听说过bquote，noquote，sQuote，dQuote，quote enquote和Quotes，以及现在见shQuote !!! :-)

这个小函数调用用于格式化要传递给操作系统shell的字符串。就个人而言，我发现我可以卷入逃避地狱的反斜杠，shQuote拯救了我。只需在您选择的命令行上输入字符串（'sh'用于Unix，例如bash，csh用于C-shell，'cmd'用于Windows shell）wihtin shQuote它将使用系统格式化来自R的呼叫：

shQuote("C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF" , type = "cmd" )
#[1] "\"C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF\""

更一般地说，您可以像这样使用shQuote：

system( shQuote( "mystring" , type = c("cmd","sh") ) , ... )

使用命令行选项从R中运行Windows可执行文件

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