Question

我在群集上运行mpi。它适用于可执行文件以及C程序;所以我很确定它工作正常。但是，当我尝试安装Rmpi时，我收到错误。

架构：

Centos 6.4
MPICH 3.0.3（与1.4有相同的问题）。
R 2.15
Rmpi 0.6-3

我尝试了不同的组合。具体来说，尝试从R内部运行install.packages（），从命令行运行R CMD INSTALL。我尝试了sudo，su - ，甚至安装到非特权的“私有”目录（如果设置LD_LIBRARY_PATH搞砸了）。所以，这是我运行的一个例子：

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/
install.packages("Rmpi", configure.args = c("--with-Rmpi-include=/opt/tmp/shared/mpich2-install/include/", "--with-Rmpi-libpath=/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/", "--with-Rmpi-type=OPENMPI", "--with-mpi=/opt/tmp/shared/mpich2-install/"))

在每个事件中我都会得到一致的错误：

gcc -m64 -std=gnu99 -shared -L/usr/local/lib64 -o Rmpi.so RegQuery.o Rmpi.o conversion.o internal.o -L/opt/tmp/shared/mpich2-install/lib/ -lmpi -L/usr/lib64/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lmpi
collect2: ld returned 1 exit status

注意，如果我把mpi-type作为MPICH（而不是OPENMPI），我会收到关于格式错误的错误。

我的想法用完了......有一个similar帖子，但我的问题似乎有所不同。感谢。

Answer 1

显然，这是MPICH和Rmpi之间已知的不兼容性。我安装了Open MPI，一切正常。也许，它也会对某人有所帮助......

在Centos上安装Rmpi失败，“找不到-lmpi”

1 个答案: