Question

我使用的系统在/ usr / local / bin / gcc中有GCC 4.5（实验性），已经证明对某些R包有问题。我想在/ usr / bin / gcc中使用系统GCC。

我尝试在Bash配置文件（.bashrc，.bash_profile等）以及命令行中设置CC和CXX，但是虽然Bash识别出更改，但R没有。

如何让R在/ usr / bin中使用GCC版本而不是/ usr / local / bin /中的版本？

Answer 1

这不是很好的记录（例如我现在无法在'R Extension'或'R Admin'中找到它），但Brian Ripley在列表中提到了几次。

基本上，在R编译时，设置被注册并存储在$R_HOME/etc/Makeconf中。一种可能性是直接编辑该文件，但您可能没有root权限，或者可能不想影响所有其他用户。所以最好是创建

~/.R/Makevars

带条目

CC=gcc-4.4
CXX=g++-4.4

加上您想要设置的任何验证标志等。这将影响您运行的R CMD INSTALL或R CMD check或......的所有后续使用。

$R_HOME/etc/中的其他文件同样可以从~/.R/本地覆盖。

Answer 2

我有一个非常类似的问题。

对我来说有用的是定义一个项目目录（rstudio可以为你做这个），然后添加一个修改PATH和LD_LIBRARY_PATH的.Renviron文件，以包含带有新gcc的目录。例如，在您的情况下，.Renviron将类似于：

LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/bin/gcc/lib:/usr/local/bin/gcc/lib64:/usr/local/bin/gcc/libexec: 其他路径

PATH=/usr/local/bin/gcc/bin:/usr/local/bin: 其他路径

Answer 3

检查您的路径，查看/ usr / local / bin是否在/ usr / bin之前。如果是这样，只需确保/ usr / bin是第一个：

PATH=/usr/bin:${PATH}

（如果/ usr / bin重复出现两次就可以了。）

Answer 4

查看configure.args的{{1}}部分，并将其与?install.packages进行比较，例如r源代码树。

您还可以通过bash ./configure --help。

HTH