R barplot Y轴刻度太短

Question

我正在尝试生成一个条形图，但是y轴刻度太短。这是我的代码：

barplot(as.matrix(dat), log="y", ylim=c(10000,100000000), beside=TRUE,
        ylab = "Number of reads", col = c("gray","black","white"))

它离开轴的空间（根据ylim），但不填充实际轴。我经历了?barplot并尝试了一些事情（从谷歌上搜索我认为xpd = F, yaxs = c(10000,10000000,5)应该有用，但事实并非如此）。

我知道这是一个小问题，但这正是我长期困扰的问题，而不是实际工作，所以任何帮助都会非常感激！

编辑： 为输入人员干杯！

我最初在没有ylim的情况下进行了绘图，但最终却出现了一个更奇怪的轴（同样的问题）;我实际上选择了我的ylim值来给它一个更好的间隔轴。

以下是数据：

dat <- read.table(text="D2,D3n,D3m,D4n,D4m
21234722,34262282,31920464,25486357,20712943
35343,64403,22537,39934,46547
126646,312286,101105,81537,76944", header=TRUE, sep=",")

编辑2： @DWin没错 - 我更新了我的R，现在它很好 - 谢谢大家！

Answer 1

我看到你试图设置ylim坏，你给了坏的价值。这将改变绘图的比例（如缩放）例如见：

par(mfrow=c(2,1))
tN <- table(Ni <- stats::rpois(100, lambda = 5))
r <- barplot(tN, col = rainbow(20),ylim=c(0,50),main='long y-axis')
r <- barplot(tN, col = rainbow(20),main='short y axis')

另一种选择是在没有轴的情况下绘图，并使用axis和usr手动设置：

require(grDevices) # for colours
par(mfrow=c(1,1))
r <- barplot(tN, col = rainbow(20),main='short y axis',ann=FALSE,axes=FALSE)
usr <- par("usr")
par(usr=c(usr[1:2], 0, 20))
axis(2,at=seq(0,20,5))

Answer 2

最简单的解决方案似乎是指定ylim范围。以下是一些自动执行此操作的代码（左默认，右调整）：

layout(t(c(1,2)))

# default y-axis
barplot(dat, beside=TRUE)

# automatically adjusted y-axis
barplot(dat, beside=TRUE, ylim=range(pretty(c(0, dat))))

诀窍是使用pretty()返回包含所提供数据的所有值的间隔中断列表。它保证最大返回值为1）数字2）大于数据中的最大值。

在示例0中还添加了pretty(c(0, dat))，以确保轴从0开始。

Answer 3

barplot(data)

barplot(data, yaxp=c(0, max(data), 5))

yaxp = c（minY轴，maxY轴，间隔）