我一直在寻找几天，但我没有得到正确的答案
我有两个看起来像这样的文件：
File1中：
>contig-100_23331 length_200 read_count_4043
TCAG...
>contig-100_23332 length_200 read_count_4508
TTCA...
>contig-100_23333 length_200 read_count_184
TTCC...
文件2：
>contig-100_23331_Cov:_30.9135
>contig-100_23332_Cov:_125.591
>contig-100_23333_Cov:_5.97537
我想用File2中名称（＆gt; contig ... length ...）替换名称为File2的行。请注意，File2仅包含重叠群名称（无序列）。
我认为这是sed的一种方式，但我找不到解决方案
提前致谢！
答案 0 :(得分：2)
一种可能性是使用sed创建sed - 来自File2的脚本，然后在File1上使用：
sed 's/^\(>contig-[0-9]*_[0-9]*\)_.*/s%^\1 %& %/' File2 > sed.script
sed -f sed.script File1 > File.Out
rm -f sed.script
对于示例File2，sed.script将包含：
s%^>contig-100_23331 %>contig-100_23331_Cov:_30.9135 %
s%^>contig-100_23332 %>contig-100_23332_Cov:_125.591 %
s%^>contig-100_23333 %>contig-100_23333_Cov:_5.97537 %
对于示例File1，sed处理的输出将为：
>contig-100_23331_Cov:_30.9135 length_200 read_count_4043
TCAG...
>contig-100_23332_Cov:_125.591 length_200 read_count_4508
TTCA...
>contig-100_23333_Cov:_5.97537 length_200 read_count_184
TTCC...
某些版本的sed可能会在sed脚本中出现23k行问题。如果这对您来说是个问题，那么您可以生成sed.script然后将其（split）拆分为更小的块（例如每行1000行），然后为每个块运行sed -f chunk 。这很痛苦，但很有必要。从历史上看，HP-UX（旧版本，如HP-UX 9或10）具有相当有限的sed版本，只能处理sed脚本中的几百个命令。
鉴于您使用的是bash，您可以使用process substitution来避免显式中间文件：
sed -f <(sed 's/^\(>contig-[0-9]*_[0-9]*\)_.*/s%^\1 %& %/' File2) File1 > File.Out
但是，您应该在使用该表示法之前验证脚本。
答案 1 :(得分：0)
免责声明：从未这样做过......
您可能希望使用join命令合并文件merging files
您可能必须为FILE2生成中间文件或流，其中有一个额外的空行，以便两个文件中的两行匹配。
希望这有帮助。