绘制目录中的所有数据文件

时间：2013-04-17 17:22:23

标签： python numpy matplotlib

我正在尝试将所有数据文件绘制在python中的目录中，然后保存生成的图。我不试图编写高效的python代码（不幸的是）：现在只对绘制数据感兴趣。

我是python的新手，我的目标是在我的论文中组织数字。

所以使用下面的代码，这就是我想要做的：

  1. 我列出了.dat
    2. 的所有glob个文件
  2. 我使用文件名
    3. 填充数组
  3. 我遍历此文件名数组和plot_surface每个数据文件

    4. 我尝试绘制的数据是here

    向我吐出的错误是：

    错误

      File "/home/dnaneet/Research/test_collection/dftdata/profile2.py", line 59, in <module>
    plot(x, y, z)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/pyplot.py", line 2286, in plot
    ret = ax.plot(*args, **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/axes.py", line 3783, in plot
    for line in self._get_lines(*args, **kwargs):
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/axes.py", line 317, in _grab_next_args
    for seg in self._plot_args(remaining, kwargs):
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/axes.py", line 278, in _plot_args
    raise ValueError, 'third arg must be a format string'
ValueError: third arg must be a format string

    Python代码

    import os
import glob
import sys
import subprocess
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import numpy as np

from numpy import *
from numpy.random import rand
from pylab import pcolor, show, colorbar, xticks, yticks
from pylab import *

print 'Listing all profile/dat files'
profilefilelist = glob.glob('*profile*.dat')
raw_input('Press ENTER to continue...')
print profilefilelist


for i in profilefilelist:
  DATA = i
  def get_data(fname=DATA):
    '''Read 2d array of z coordinates from file. Convert to float values
    and wrap in a numpy array.'''
    with open(fname) as f:
        data = [map(float, line.split()) for line in f]
    return np.array(data)
    def plot(x, y, z):

        fig = plt.figure()
        ax = fig.gca(projection='3d')
        ax.plot_surface(x, y, z, rstride=5, cstride=5,cmap="binary",linewidth=0.1)
        ax.set_zlim3d(0.0,4.0)  
        ax.set_xlabel('X',fontsize=16,fontweight="bold")
        ax.set_ylabel('Y',fontsize=16,fontweight="bold")
        ax.set_zlabel('h(X,T)',fontsize=16,fontweight="bold")
        savefig(os.getcwd()+DATA+'.pdf',figsize=(5,5),dpi=600)
        savefig(os.getcwd()+DATA+'.pdf',figsize=(5,5),dpi=600)




if __name__ == '__main__':
    z = get_data()
    x = range(z.shape[0])
    y = range(z.shape[1])
    x, y = np.meshgrid(x, y)
    plot(x, y, z)

    问题

    这是因为我的压痕不好还是在这里发生了更加险恶的事情？我该怎么做才能纠正这些错误？

    我不太了解python，并一直试图摆脱mathematica（因为我将毕业，再也买不起世界上的mathematicas或matlabs）。

    SE上提供的先前代码：

    HERE

    修改后的代码（基于答案）

    import os
import glob
import sys
import subprocess
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import numpy as np

from numpy import *
from numpy.random import rand
from pylab import pcolor, show, colorbar, xticks, yticks
from pylab import *

print 'Listing all profile/dat files'
profilefilelist = glob.glob('*profile*.dat')
raw_input('Press ENTER to continue...')
print profilefilelist
DATA=profilefilelist


for i in DATA:
    def get_data(fname=i):
        '''Read 2d array of z coordinates from file. Convert to float values
        and wrap in a numpy array.'''
        with open(fname) as f:
            data = [map(float, line.split()) for line in f]
            return np.array(data)
for i in DATA:    
    def my_plot(x, y, z):
        fig = plt.figure()
        ax = fig.gca(projection='3d')
        ax.plot_surface(x, y, z, rstride=5, cstride=5,cmap="binary",linewidth=0.1)
        ax.set_zlim3d(0.0,4.0)  
        ax.set_xlabel('X',fontsize=16,fontweight="bold")
        ax.set_ylabel('Y',fontsize=16,fontweight="bold")
        ax.set_zlabel('h(X,T)',fontsize=16,fontweight="bold")
        plt.show()
#        savefig(os.getcwd()+DATA+'.pdf',figsize=(5,5),dpi=600)
#        savefig(os.getcwd()+DATA+'.pdf',figsize=(5,5),dpi=600)    



if __name__ == '__main__':
            z = get_data()
            x = range(z.shape[0])
            y = range(z.shape[1])
            x, y = np.meshgrid(x, y)
            my_plot(x, y, z)

4 个答案:

答案 0 :(得分：2)

至少有一个缩进问题我可以看到（虽然我没有所有的依赖关系来重现这个）。

您的def图（x，y，z）位于def get_data函数内（位于for循环内）。

你只需要定义一次你的函数，这样你就可以将def get_data和def绘制线从第0列开始。然后你的

if __name__ == '__main__'

块将调用您的绘图函数而不是pyplot（如回溯中所示）。

同样，您只需要使用您正在寻找的DATA文件调用它，而不是在for循环中定义get_data。

答案 1 :(得分：2)

一些清理建议（你的任务很简单，我认为有一些不必要的操作）：

  • 不要迭代列表的索引，迭代列表本身;
  • 删除样板代码（打印，raw_input仅用于确认等）
  • 利用数组创建例程。
  • 不要创建仅在一个地方调用的函数。
  • 避免多次导入，或from module import *，因为它已导致名称冲突。

以下是您的程序的修改版本，我相信它可以实现相同的结果。它不是您的问题的解决方案，而是一系列小改进（或我认为是改进）：

import os
import glob
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import numpy as np

for fname in glob.glob('*profile*.dat'):

    z = numpy.loadtxt(fname)

    x,y = np.meshgrid(range(z.shape[0]), range(z.shape[1]))

    fig = plt.figure()

    ax = fig.gca(projection='3d')
    ax.plot_surface(x, y, z, rstride=5, cstride=5,cmap="binary",linewidth=0.1)
    ax.set_zlim3d(0.0,4.0)

    ax.set_xlabel('X',fontsize=16,fontweight="bold")
    ax.set_ylabel('Y',fontsize=16,fontweight="bold")
    ax.set_zlabel('h(X,T)',fontsize=16,fontweight="bold")
    plt.savefig(os.getcwd()+fname+'.pdf',figsize=(5,5),dpi=600)
    plt.savefig(os.getcwd()+fname+'.pdf',figsize=(5,5),dpi=600)

您可以选择使用最后两行：

plt.savefig(os.path.join(os.getcwd, "%s.pdf" % fname), figsize=(5,5), dpi=600)

答案 2 :(得分：1)

您已经定义了自己的函数并将其命名为plot，但是当您调用plot(x,y,z)时，它看起来正在调用标准pyplot.plot命令（请参阅回溯中的代码位置） ）。请尝试将其重命名为my_plot。

一般而言，在这种情况下，强烈建议不要使用其他常用函数的名称来命名自己的对象（函数和变量）。

正如@tstone所说，你的函数定义在循环内部，在运行循环之前定义它们，但也给它们唯一的名称。使用唯一名称，如果您愿意，您仍然可以使用普通的plot函数，并且您已经捕获了作用域错误（它在循环中定义）因为唯一名称（{{ 1}}，例如）本来是未定义的。

尝试重构您的脚本：

my_plot

请注意，我更改了import ... def get_data(fname): #fname is now a required argument, to be fed in by the loop in __main__ body '''Read 2d array of z coordinates from file. Convert to float values and wrap in a numpy array.''' ... # should pass DATA to the savefig: def my_plot(x, y, z, DATA): ... savefig(...DATA...) # do everything else here: if __name__ == '__main__': print 'Listing all profile/dat files' profilefilelist = glob.glob('*profile*.dat') raw_input('Press ENTER to continue...') print profilefilelist # you didn't need `i` since you just immediately assigned it to DATA, just call it DATA in the first place for DATA in profilefilelist: z = get_data(DATA) x = range(z.shape[0]) y = range(z.shape[1]) x, y = np.meshgrid(x, y) my_plot(x, y, z, DATA) # Here, pass DATA to `my_plot` 的参数，以便它没有默认参数，但它会接受一个变量（此处称为get_data来自循环）。

答案 3 :(得分：1)

一个简单的例子，可以帮助您了解函数和循环的工作原理。

# Here I define bar 10 times, but call it 1 times
# This is what you're doing in your code
print "defining bar 10 times"
for i in range(10):
    def bar(i):
        print "bar " + str(i)
print "running it once"
bar(99)

# Here I define foo once, and call it 10 times
# This is what I think you're trying to do
print "defining foo once"
def foo(i):
    print "foo " + str(i)

print "running foo 10 times"
for i in range(10):
    foo(i)

这是上述代码的输出：

defining bar 10 times
running it once
bar 99
defining foo once
running foo 10 times
foo 0
foo 1
foo 2
foo 3
foo 4
foo 5
foo 6
foo 7
foo 8
foo 9
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