我尝试使用来自WinBUGS
R
和BRugs
的{{1}},代码如下:
R2WinBUGS
结果没有出来,我发现了require(R2WinBUGS)
require(BRugs)
model<-function(){
for(i in 1:N){
y[i] <- x[i] + w[i]
w[i] ~ dnorm(0, sigma.y)
x[i] <- a - b*5 + v[i]
v[i] ~ dnorm(0, sigma.x)
}
a ~ dunif(0, 1)
b ~ dunif(-1, 1)
sigma.y ~ dgamma(0.1, 0.1)
sigma.x ~ dgamma(0.1, 0.1)
}
write.model(model, con = "model.bug")
modelCheck("model.bug")
# model is syntactically correct
N = 10
y = rnorm(100)
data = list(N = N, y = y)
inits = function(){
list(a = runif(1, 0, 1), b = runif(1, -1, 1), sigma.x= rgamma(1, 0.1, 0.1),
sigma.y = rgamma(1, 0.1, 0.1))
}
parameters = c("a", "b", "sigma.x", "sigma.y")
result.sim <- bugs(data, inits, parameters, "model.bug",
n.chains = 1, n.iter = 1000,
program= "winbugs",
working.directory = NULL,
debug = T)
log.txt
的部分内容:
WinBUGS
很明显,display(log)
check(C:/Users/ADMINI~1.PC-/AppData/Local/Temp/RtmpkrnOoc/model.bug.txt)
model is syntactically correct
data(C:/Users/ADMINI~1.PC-/AppData/Local/Temp/RtmpkrnOoc/data.txt)
data loaded
compile(1)
multiple definitions of node y[1]
inits(1,C:/Users/ADMINI~1.PC-/AppData/Local/Temp/RtmpkrnOoc/inits1.txt)
command #Bugs:inits cannot be executed (is greyed out)
gen.inits()
command #Bugs:gen.inits cannot be executed (is greyed out)
thin.updater(1)
update(500)
command #Bugs:update cannot be executed (is greyed out)
set(a)
是error
,但这是什么意思?我不认为multiple definitions of node y[1]
有多个定义,因为我在y[1]
中使用y[i]
而不是y
。
答案 0 :(得分:3)
如果没有正确定义模型的可能性,则往往会出现多个定义错误。如果您的数据中包含y
,则需要在模型中说明y
的分配。目前,模型中的y
被设置为确定性(而非随机)节点。取决于您可以设置的实际型号
y[i] ~ dnorm(x[i], w[i])
然后,您必须在每个公差w [i]上有不同的先验分布(只有正数)。
答案 1 :(得分:1)
在你的模型中,y [i]具有正态分布,均值为x [i],方差由v [i]的方差加上w [i]的方差定义。因此,它将为您提供在y [i] ~dnorm(x [i],prec [i])中使用的适当参数。注意,BUGS中的正态分布由precision = 1 / variance定义,因此prec [i]&lt; -1 /(1 / sigma.y + 1 / sigma.x)。假设西格玛是精确的 - 虽然这是令人困惑的表示法,因为西格玛通常是一个标准偏差。