使用scatterplot3d绘制球体

Question

我有一个所有氨基酸的x，y，z坐标矩阵。我使用以下函数在3D空间中绘制蛋白质：

make.Plot <- function(position.matrix, center, radius){
  scatterplot3d(x = position.matrix[,4], y = position.matrix[,5], z = position.matrix[,6], type = 'o', color = 'blue')
}

position.matrix中的每一行都是针对不同的氨基酸。我想要做的是修改函数，所以如果我传递一个“中心”，它对应于位置矩阵的第2列中的数字（列出氨基酸编号），以及半径，我想要一个球体中心位于该氨基酸处。

例如，如果我传递它（position.matrix，9,3），我希望它在氨基酸9周围绘制半径为3的球体。我已在此处上传了位置数据的副本：  http://temp-share.com/show/YgFHv2J7y

请注意，行计数并不总是规范计数，因为会跳过一些残留。我将永远传递“规范”计数......

感谢您的帮助！

Answer 1

以下是对您的代码的经过测试的修改。它为cex.symbols添加了一个长度为2的大小的向量，通过向逻辑向量加1来选择：

make.Plot <- function(position.matrix, center, radius){
    scatterplot3d(x = position.matrix[,4], y = position.matrix[,5], 
                  z = position.matrix[,6], type = 'o', 
          cex.symbols=c(1,radius)[1+(position.matrix[,2]==center)],  color = 'blue')
          }

我想知道你真正想要的是rgl包。它具有形状和交互式绘图环境。使用scatterplot3d，您可以使用以下代码将选择的点设为红色：

myplot <- make.Plot(position.matrix, 3, 9)
myplot$points3d(position.matrix[3 , 4:6],  col="red", cex=10)

我还找到了一些代码来绘制一个“参数范围”，可以用来创建一个突出显示指标：

myplot <- make.Plot(position.matrix, 3, 9)
a=seq(-pi,pi, length=10);
myplot$points3d(x=2*c(rep(1, 10) %*% t(cos(a)))+position.matrix[3 , 4] , 
 y=2*c(cos(a) %*% t(sin(a)))+position.matrix[3 , 5],
 z=2*c(sin(a) %*% t(sin(a)))+position.matrix[3 , 6],
 col="red", cex=.2)