如何使压缩文件直接用作常规文件？

Question

我们有一个名为CRAM的基因组数据的定制压缩器，并且它提供了高级压缩，人们不敢使用它，因为它不太容易使用生物信息学工具处理，如常规＆＃34;文件。我们希望允许压缩文件用作脚本的参数，在GUI中打开等，就像经典文件一样。

类似于命名管道或块设备文件，无论何时从中读取，都会自动执行解压缩命令。如果很容易从系统复制到系统（到电子邮件，sftp等），那就更好了。

我们目前的解决方案：

1. 让我们说我们有两个命令，cram和uncram（你可以在这里替换gzip和gunzip）和一个输入文件fileX。

2. 我们压缩：

   cram＆lt; fileX＆gt; fileX.cram

3. 我们为cram创建自解压档案：

   echo＆＃34; uncram＆lt; fileX.cram＆＃34; ＆GT; fileX.cram.sex
   chmod + x fileX.cram.sex

4. 我们将它用作工具中的参数：

   mytool＆lt;（fileX.cram.sex）

现在它几乎易于使用，除了＆＃34;＆lt;（）＆＃34;符号，以及您无法立即在GUI中打开它。

如何使流程透明化？

Answer 1

您可以尝试在处理文件的每个命令周围提供一个简单的包装器：

$ mytool () {
>  command mytool <( "$1" )
> }
$ mytool fileX.cram.sex

command内置允许您运行原始命令，而不是影响它的功能。

请注意，fileX.cram.sex不是自解压存档;它只是一个带有硬编码输入文件的shell脚本。