Question

我是Perl的新手，我担心自己陷入困境，想知道是否有人可以帮助我。

我有一个包含oldname和newname的两列（制表符分隔）的文件。

我想将oldname用作key和newname作为值，并将其存储为哈希值。

然后我想打开一个不同的文件（gff文件）并用新名称替换其中的所有旧名称并将其写入另一个文件。

我已尽力尝试，但却遇到了很多错误。

如果你能让我知道我做错了什么，我将不胜感激。

以下是两个文件的外观：

oldname newname（SFXXXX）文件：

genemark-scaffold00013-abinit-gene-0.18 SF130001
augustus-scaffold00013-abinit-gene-1.24 SF130002
genemark-scaffold00013-abinit-gene-1.65 SF130003

要搜索和替换的文件（其中一行的示例）：

scaffold00013   maker   gene    258253  258759  .   -   .   ID=maker-scaffold00013-augustus-gene-2.187;Name=maker-scaffold00013-augustus-gene-2.187;

这是我的尝试：

#!/usr/local/bin/perl
use warnings;
use strict;

my $hashfile = $ARGV[0];
my $gfffile  = $ARGV[1];
my %names;
my $oldname;
my $newname;

if (!defined $hashfile) {
    die "Usage: $0 hash_file gff_file\n";
}

if (!defined $gfffile) {
    die "Usage: $0 hash_file gff_file\n";
}

###save hashfile with two columns, oldname and newname, into a hash with oldname as key and newname as value.

open(HFILE, $hashfile) or die "Cannot open $hashfile\n";

while (my $line = <HFILE>) {
    chomp($line);
    my ($oldname, $newname) = split /\t/;
    $names{$oldname} = $newname;
}

close HFILE;

###open gff file and replace all oldnames with newnames from %names.

open(GFILE, $gfffile) or die "Cannot open $gfffile\n";

while (my $line2 = <GFILE>) {
    chomp($line2);

    eval "$line2 =~ s/$oldname/$names{oldname}/g";

    open(OUT, ">SFrenamed.gff") or die "Cannot open SFrenamed.gff: $!";

    print OUT "$line2\n";

    close OUT;
}

close GFILE;

谢谢！

Answer 1

您的主要问题是您没有拆分$line变量。 <{1}}默认情况下会split /\t/拆分，而您还没有放任何东西。

该程序构建哈希，然后通过按长度的降序对它们进行排序并使用$_正则表达式交替运算符将它们连接起来，从所有键构造正则表达式。排序是必要的，以便在有任何替代选择的情况下选择所有可能选择的最长。

每次出现的正则表达式都会被输入文件每行中相应的新名称替换，并且输出会写入新文件。

Answer 2

你为什么使用评估？并且$oldname将在第二个while循环中未定义，因为您在该范围内重新声明它们的第一个while循环（即使您使用了外部范围，它也会存储您处理的最后一个值，这将不会没有用。）

取出脚本顶部的my $oldname和my $newname，这是没用的。

取出整个eva l行。您需要为要替换的每个事物重复正则表达式。尝试类似：

$line2 =~ s/$_/$names{$_}/g for keys %names;

另见鲍罗丁的回答。他做了一个大的正则表达式而不是一个循环，并且发现你缺乏第二个分裂的论点。

如何使用Perl搜索和替换哈希

2 个答案: