Question

我正在尝试将两个数组（每个长度为n）组合到根进程（rank = 0）上的接收缓冲区中，以形成长度为2 * n的数组，即包含所有值的单个数组。

为简洁起见，我的代码类似于以下内容：

#define ROOT 0

int myFunction(int* rBuf, int n) {
  int* sBuf = malloc(n*sizeof(int));

  // Do work, calculate offset, count etc.

  MPI_Reduce(sBuf, rBuf+offset[rank], counts[rank], 
             MPI_INT, MPI_SUM, ROOT, MPI_COMM_WORLD);
}
// where offset[rank] is amount to offset where it is to be received
// offset[0] = 0, offset[1] = n
// counts contains the length of arrays on each process

然而，当我检查rBuf时，它被缩减为没有偏移的rBuf，例如：

// Rank 0: sBuf = {3, 2}
// Rank 1: sBuf = {5, 1}
// Should be rBuf = {3, 2, 5, 1}    
rBuf = {8, 3, 0, 0}

其他信息：

rBuf初始化为正确大小，在reduce
所有进程都有偏移数组
当时使用MPI_Reduce的原因是，如果rBuf设置为0，那么使用MPI_SUM减少会得到所需的答案

我查了一些文档，一些教程/指南在线，当然这样，我仍然无法弄清楚我做错了什么。

作为答案，我特意寻找：

这在技术上是否可以使用MPI_Reduce？
我的MPI_Reduce通话是否正确？（指针算术中的错误？）
使用MPI是可行/正确的做法还是更好的方法？

由于

Answer 1

this answer中详细描述了聚集（和分散）。

Reduce和Gather相关但操作不同。当您在这些向量上调用MPI_Reduce时

// Rank 0: sBuf = {3, 2}
// Rank 1: sBuf = {5, 1}

Reduce完全做对了;它花了各种sBuf并添加它们（因为你告诉它对数据执行操作MPI_SUM），给出{8,3} == {3,2} + {5,1}，并将结果放在根处理器接收缓冲区中。（如果您希望每个人都获得答案，请改用MPI_Allreduce()。）但请注意您对Reduce的调用，

 MPI_Reduce(sBuf, rBuf+offset[rank], counts[rank], 
             MPI_INT, MPI_SUM, ROOT, MPI_COMM_WORLD);

实际上并不有效;对于Reduce，每个人都需要使用相同的计数进行呼叫。并且唯一重要的rBuf是根进程中的那个，在这种情况下是0级。

另一方面，收集收集所有数据，但不是使用sum，product，xor等操作将其折叠，而是将结果连接起来。

Answer 2

所以我尝试了MPI_Gatherv，这似乎解决了这个问题，验证了更大数量和数量的数组。

这就是我的所作所为：

MPI_Gatherv(sBuf, counts[rank], MPI_INT, c, counts, offset, MPI_INT, 
            ROOT, MPI_COMM_WORLD);

我也尝试过MPI_Gather，但这不起作用（看起来真的以与我的reduce调用类似的方式传递偏移没有实际效果）。

由此，我对我的具体问题的理解如下：

这不可能/不是MPI_Reduce的预期用例
reduce调用因此不正确，包括调用中的偏移无效
正确的方法是使用MPI_Gatherv，因为这是这个库调用专门解决的问题（接收缓冲区中的位移）

如果有经验的MPI用户想要权衡，那就太棒了。

由于

MPI减少到特定的接收缓冲区地址

2 个答案: