我正在努力找到一种解决方案,以克服在建立采样点时缺乏实验设计。目的是对原始数据集进行子集化,根据具有多个级别的2个因子强制采样点分层。
我需要一个问题的一般表达式,这可能会让我重新定义一套标准级别。
我已根据条件找到了子表格的示例,最相关的是来自Brian Diggs的帖子,但我找不到将该解决方案应用于我的特定情况的一般方法。
我的data.frame有3列,样本ID和两个因子(f1和f2)。 标准基于f1和f2的值的间隔。
dat <- structure(list(id = 1:203, f1 = c(22, 20.8, 20.7, 22, 12.1, 8,
20.6, 22, 22, 21.6, 0, 22, 21.4, 15.9, 21.2, 19.1, 12.5, 16.6,
14, 21.2, 14.7, 20.7, 20.5, 5.4, 19.1, 18.9, 22, 22, 22, 0, 0,
22, 1.3, 1, 0, 9.4, 7.9, 14.5, 0, 1.5, 0, 20.3, 18, 17.3, 1,
22, 0, 15, 17.9, 4.3, 19.5, 21.2, 21.2, 14.6, 2.3, 0, 6.7, 17.9,
9.5, 19, 21.6, 16.6, 11.7, 13.7, 1.5, 1, 7.6, 3.7, 18.5, 13.5,
20.9, 18.2, 11.5, 7.3, 6.5, 21.1, 22, 20.5, 20.5, 20, 16.2, 18.6,
22, 15.1, 14.4, 10.8, 17.1, 5.7, 15.1, 12.8, 14.5, 8.8, 16.8,
18.7, 1, 6.3, 1.8, 14.6, 22, 16.2, 12.9, 9.1, 2, 7.6, 7, 11.7,
1, 1, 9.6, 11, 2, 2, 14, 14.9, 7.8, 11.4, 8.3, 7.6, 9.1, 4.5,
18, 11.4, 3.1, 4.3, 9.3, 8.1, 1.4, 5.2, 14.7, 3.6, 5, 2.7, 10.3,
11.3, 17.9, 5.2, 1, 1.5, 13.2, 0, 1, 7.4, 1.7, 11.5, 20.2, 0,
14.7, 17, 15.2, 22, 22, 22, 17.2, 15.3, 10.9, 18.7, 11.2, 18.5,
20.3, 21, 20.8, 15, 21, 16.9, 18.5, 18.5, 10.3, 12.6, 15, 19.8,
21, 17.2, 16.3, 18.3, 10.3, 17.8, 11.2, 1.5, 1, 0, 1, 14, 19.1,
6.1, 19.2, 17.1, 14.5, 18.4, 22, 20.3, 6, 13, 18.3, 8.5, 15.3,
10.6, 7.2, 6.2, 1, 7.9, 2, 20, 16.3), f2 = c(100, 100, 92.9,
38.5, 100, 90.9, 100, 100, 100, 91.7, 0, 100, 71.4, 100, 100,
53.8, 28.6, 91.7, 100, 100, 64.3, 100, 92.9, 78.6, 100, 100,
27.3, 83.3, 14.3, 0, 0, 9.1, 23.1, 12.5, 0, 100, 81.8, 100, 0,
15.4, 0, 83.3, 100, 75, 7.1, 81.8, 0, 21.4, 84.6, 25, 80, 90.9,
100, 71.4, 50, 0, 46.2, 90.9, 14.3, 66.7, 90.9, 84.6, 46.2, 91.7,
33.3, 7.7, 71.4, 27.3, 46.2, 100, 100, 100, 60, 54.5, 46.2, 53.8,
91.7, 100, 100, 66.7, 45.5, 57.1, 15.4, 75, 75, 76.9, 53.8, 25,
90.9, 84.6, 91.7, 90.9, 100, 54.5, 23.1, 63.6, 30.8, 90.9, 92.9,
100, 92.3, 90.9, 12.5, 38.5, 15.4, 84.6, 27.3, 7.1, 75, 21.4,
7.7, 15.4, 84.6, 100, 69.2, 63.6, 64.3, 53.8, 92.3, 33.3, 11.1,
61.5, 66.7, 23.1, 85.7, 81.8, 41.7, 69.2, 76.9, 38.5, 9.1, 23.1,
85.7, 90, 100, 100, 14.3, 36.4, 84.6, 0, 7.7, 61.5, 25, 50, 100,
0, 63.6, 36.4, 76.9, 100, 100, 100, 100, 90.9, 100, 100, 100,
100, 100, 83.3, 100, 100, 100, 100, 50, 54.5, 71.4, 100, 85.7,
100, 75, 100, 76.9, 83.3, 100, 92.3, 33.3, 76.9, 33.3, 0, 40,
91.7, 100, 53.8, 100, 100, 100, 100, 100, 92.3, 76.9, 23.1, 84.6,
33.3, 100, 92.3, 46.2, 100, 9.1, 53.8, 7.7, 20, 42.9)), .Names = c("id",
"f1", "f2"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -203L))
理想情况下,采样点应按照交叉设计进行分组(它不是完整的因子设计)。
因子f1:0,1-15,30-60,80-95,100
因子f2:0,5-10,15-20
我需要找到f1和f2间隔的所有组合的点,类似于这种方式:
gr <- expand.grid(f1=c('0', '1-15', '30-60', '80-95', '100'),
f2=c('0', '5-10', '15-20'))
> gr
f1 f2
1 0 0
2 1-15 0
3 30-60 0
4 80-95 0
5 100 0
6 0 5-10
7 1-15 5-10
8 30-60 5-10
9 80-95 5-10
10 100 5-10
11 0 15-20
12 1-15 15-20
13 30-60 15-20
14 80-95 15-20
15 100 15-20
解决方案应根据dat
。
gr
这不是一个完整的因子设计,因为并非所有组合都能满足这个特定的标准组合,但同样重要的是识别NA。
任何帮助将不胜感激。如果我提供足够的信息,请告诉我。
答案 0 :(得分:2)
使用cut
,根据您的断点将f1
和f2
分成factor
,paste
factor
,然后split
基于合并的factor
。
dat$f1.group<-cut(dat$f1,c(0,1,15,30,60,80,90,95,100))
dat$f2.group<-cut(dat$f1,c(0,5,10,15,20))
gr<-expand.grid(levels(dat$f1.group),levels(dat$f2.group))
names(gr)<-c('f1.group','f2.group')
gr$combined = paste(gr$f1.group,gr$f2.group)
dat<-merge(gr,dat)[c('id','f1','f2','combined')]
split(dat,dat$combined)
这会为list
data.frame
提供gr
,{{1}}中定义的每个组合都有一个元素。你可以轻松地通过这些阶层进行采样。