Question

我正在尝试使用Statistics::PCA包对一些遗传变异进行PCA。该软件包需要读入列表列表（如果我理解正确，可以是一个数组数组，对吧？）。

下面是我的代码的一部分，我为每个人创建数组（每个人都是一个真正的人类主体，获得一个填充0和1的数组，代表是否存在称为“SV”的遗传变体），然后将它们推送到名为@LoL_SVs的数组数组中：

my @LoL_SVs;

foreach (@individuals) {
    my $ind = $_;
    foreach (@all_SVs) {
        if ($SV{$ind}{$_} != 1) {
            push(@{$SVs{$ind}}, "0");
        }
        if ($SV{$ind}{$_} == 1) {
            push(@{$SVs{$ind}}, "1");
        }
    }
    push @LoL_SVs, [ @{$SVs{$ind}} ];
}

然后我尝试加载模块的CPAN网站上描述的数据（参见* load_data *段落）：

use Statistics::PCA;

my $pca = Statistics::PCA->new;

$pca->load_data ( { format => 'table', data => @LoL_SVs, } ); 
# ^ this line is where it goes wrong

不幸的是，这不起作用，我收到错误消息：

在/home/abdel/myperl/share/perl/5.10.1/Statistics/PCA.pm第189行使用“strict refs”时，不能使用字符串（“0”）作为ARRAY引用。

知道这里可能出现什么问题吗？

我希望问题得到明确规定，否则如果您需要更多信息，请告诉我们！非常感谢！

Answer 1

load_data来电中的选项包括：

data => @LoL_SVs

然而在文档中它被描述为

data => [ \@Obs1, \@Obs2, \@Obs3, \@Obs4, \@Obs5 ],

您尝试加载数组，但模块需要数组引用（可能是数组引用）。因此，当您尝试将空数组作为标量参数传递时，它将计算为0（因为它包含0个元素）。类似于：

my @bar;
my $foo = @bar;   # @bar is empty, $foo is 0
print $foo->[0];  # Can't use string ("0") as ARRAY ref ...

通过将引用传递给@LoL_SVs来解决您的问题：

data => \@LoL_SVs

作为旁注，您使用

是件好事

use strict;

我也希望你正在使用

use warnings;

如果没有strict并且使用@LoL_SVs之类的变量名称，则很容易发生诸如@Lol_Svs之类的拼写错误，从而导致很难发现错误。如果不使用warnings，就会更难找到这样的错误。

perl（Statistics :: PCA）：不能使用字符串（“0”）作为ARRAY引用，而“strict refs”

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