Question

所以我有一个DNA序列文件，我的目标是用字母M随机替换序列中的5个核苷酸。

即。 dna1.txt具有序列ACTGGCTACATTG。

我想让ACTGGCTACATTG看起来像ACMMGCMMCATMG或类似的东西。

我知道如何一次更换一个字母，但不是几个。

dna1 = open ("dna1.txt","r")
data1 = dna1.read()

from random import randint, choice

def Mutated_DNA(data1):
    dna_list = list(data1)
    mutation_site = randint(0, len(dna_list)-1)
    dna_list[mutation_site] = choice(list('M'))        
    return ''.join(dna_list) 

print (Mutated_DNA(data1))

我该怎么办？

Answer 1

如果你想用新的东西替换完全 5个字符，那么我认为最简单的方法是从可能的位置进行抽样，然后改变那些。例如：

from random import sample

def mutate(s, num, target):
    change_locs = set(sample(range(len(s)), num))
    changed = (target if i in change_locs else c for i,c in enumerate(s))
    return ''.join(changed)

e.g。

>>> mutate('ABC', 2, 'M')
'MMC'
>>> mutate('ABC', 2, 'M')
'AMM'
>>> mutate('ABC', 2, 'M')
'MMC'
>>> mutate('ABC', 2, 'M')
'MBM'

或

def mutate(s, num, target):
    change_locs = sample(range(len(s)), num)
    new_s = list(s)
    for change_loc in change_locs:
        new_s[change_loc] = target
    return ''.join(new_s)

等

随机替换列表中的项目

1 个答案: