如果所有列都不同

Question

我必须从与多个实验相关的文件中加载数据，然后处理它们以生成绘图。每个实验都生成多个文件。与实验1相关的文件将具有其名称“Experiment1”，然后由其包含的数据类型后缀，即“Experiment1-per0”，“Experiment1-per50”，“Experiment1-per100”。

这些后缀对于所有实验都是固定的。所以要加载文件，我只想给出实验名称，后者在R脚本中附加后缀。因此，对于我将给出的每个实验名称“ExperimentX”，我将通过附加后缀来加载三个单独的数据文件（即“ExperimentX-per0”，“ExperimentX-per50”，“ExperimentX-per100”）

我无法弄清楚，我应该在哪个数据结构中存储初始实验名称，然后存储后缀名称。

样本文件（Experiment1-per50）：

# the last column also shows the type of data i.e postfix of file

Obj TGiven  TUsed   TOGiven TOServed    per50

16570   8   7   12  6   per50

18430   8   8   12  9   per50

16890   8   7   12  9   per50

目前，我手动设置每个文件名，这需要花费大量时间。

Answer 1

如果每个实验都有相同的后缀集，则可以分别存储实验名称和后缀名称列表。然后，使用嵌套循环，您可以使用paste函数组合实验名称和后缀名称以获取文件名。

您的代码可能如下所示：

experiments = c("Experiment1","Experiment2","Experiment3")
suffixes = c("per0","per50","per100")

for (experiment in experiments) {
  for (suffix in suffixes) {
    filename <- paste(experiment, suffix, sep="-")
    df <- read.table(filename)
    df$experiment <- experiment
    # Do something with the dataframe here
  }
}

或者，如果您只想要一个包含来自给定experiments和suffixes列表的所有文件名的向量，则会合并它们：

as.vector(sapply(experiments, paste, suffixes, sep="-"))

Answer 2

如果所有列都不同

如果实验之间的列不同，我会将实验包装在列表中，如下所示：

library(plyr);
experiments <- c("Experiment1","Experiment2","Experiment3");
suffixes <- c("per0","per50","per100");

# if you want to go ahead and get the data
data <- llply( experiments, function(experiment) {
    llply( suffixes, function(suffix) {
        fn <- str_c(experiment,'_',suffix,'.csv'); # make filename
        # later, try to read fn, now just return
        return(fn);
    })
})

然后，您可以遍历data进行进一步处理。 llply是plyr包的一部分。它迭代一个列表（l中的第一个llply）并返回一个列表（第二个l）。

如果所有列都相同

library(plyr);
experiments <- c("Experiment1","Experiment2","Experiment3");
suffixes <- c("per0","per50","per100");

data <- ldply( experiments, function(experiment) {
    ldply( suffixes, function(suffix) {
        data.frame(
           experiment = experiment,
           suffix= suffix,
           fn = str_c(exper.name,'_',suffix,'.csv'))
    })
})

这会将所有数据作为单个data.frame读取，然后您可以根据需要进行解析（例如，使用plyr和/或subset）。

应该使用哪种数据结构，可以以自定义方式附加？

2 个答案:

如果所有列都不同

如果所有列都相同