Question

我打算做一些并行计算，我完全是这个领域的初学者。我将使用MPI进行并行工作，使用Master-Slave模型。我现在有四台机器，并希望其中一台成为主节点。但是，我不知道如何指定运行该程序的其他机器。有没有像指定从节点的IP地址的方法？如何启动我的程序？我正在使用Ubuntu 12.10。

Answer 1

设置

确保每个节点上都有相同的目录/文件结构。例如，每台计算机上的可执行文件应为/home/yan/my_program。你可以，例如通过NFS在每台计算机上安装相同的目录。

Setup SSH以便您可以从主节点登录每个从节点，如下所示：

yan@master:~/$ ssh slave1
yan@slave1:~/$

这意味着用户yan必须存在于每台计算机上。如果您通过SSH key设置登录，则无需输入密码。如果您通过密码登录，则必须在启动程序时输入密码。

使用

安装OpenMPI

sudo apt-get install penmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-dev

您可以安装其他MPI实现，例如MPICH。

运行程序

现在，使用mpicc myprogram.c -o myprogram编译您的程序（如果您使用C;对于C ++，mpic++等）并使用

运行它

yan@masternode:~/$ mpirun -n 4 -H master,slave1,slave2,slave3 myprogram

您也可以使用IP地址代替machine name。 -n指定进程数。如果省略该选项，将在每台计算机上启动一个进程。您还可以为每台机器使用多个插槽：

yan@masternode:~/$ mpirun -n 8 -H master,slave1,slave2,slave3,\
master,slave1,slave2,slave3 myprogram

或者，您可以将每行一个计算机名称写入HOSTFILE，并将其指定为：

yan@masternode:~/$ mpirun -hostfile HOSTFILE

这些命令通过SSH自动连接到从属计算机，启动程序并设置通信参数，以便数据分发自动运行，MPI_Comm_size和MPI_Comm_rank给出当前计算机的编号和群集的大小。

您可以通过调用man mpirun来查看这些选项。