带有二进制数据的gnuplot中的pm3d

时间:2013-04-08 11:44:34

标签: binary fortran gnuplot binary-data

我有一些内容

的数据文件
a1 b1 c1 d1
a1 b2 c2 d2
...
[blank line]
a2 b1 c1 d1
a2 b2 c2 d2
...

我用gnuplot使用

绘制这个
splot 'file' u 1:2:3:4 w pm3d.

现在,我想使用二进制文件。我使用无格式的流访问创建了Fortran文件(直接或顺序访问不直接工作)。通过使用gnuplot

splot 'file' binary format='%float%float%float%float' u 1:2:3

我得到了正常的3D图。但是,pm3d命令不起作用,因为我在二进制文件中没有空行。我收到错误消息:

>splot 'file' binary format='%float%float%float%float' u 1:2:3:4 w pm3d
Warning: Single isoline (scan) is not enough for a pm3d plot.
Hint: Missing blank lines in the data file? See 'help pm3d' and FAQ.

根据http://gnuplot.sourceforge.net/demo/image2.html中的演示脚本,我必须指定记录长度(我仍然不明白)。但是,使用演示页面中的此脚本和带有pm3d的命令会获得相同的错误消息:

splot 'scatter2.bin' binary record=30:30:29:26 u 1:2:3  w pm3d

那么如何正确地从二进制文件中绘制这个四维数据呢?

编辑:谢谢,mgilson。现在它工作正常。仅供记录:我的fortran代码片段:

 open(unit=83,file=fname,action='write',status='replace',access='stream',form='unformatted')
 a= 0.d0
 b= 0.d0
 do i=1,200
    do j=1,100  
       write(83)real(a),real(b),c(i,j),d(i,j)
       b = b + db
    end do
    a = a + da
    b = 0.d0
 end do
close(83)

gnuplot命令:

 set pm3d map
 set contour
 set cntrparam levels 20
 set cntrparam bspline
 unset clabel
splot 'fname' binary record=(100,-1) format='%float' u 1:2:3:4 t 'd as pm3d-projection, c as contour'

1 个答案:

答案 0 :(得分:4)

很好的问题,感谢发布它。这是gnuplot的一个角落,我以前没有花太多时间。首先,我需要生成一些测试数据 - 我使用了python,但你可以轻松地使用fortran

请注意,我的输入数组(b)只是一个10x10数组。数据文件中的前两个“列”只是索引(i,j),但你可以使用任何东西。

>>> import numpy as np
>>> a = np.arange(10)
>>> b = a[None,:]+a[:,None]
>>> b
array([[ 0,  1,  2,  3,  4,  5,  6,  7,  8,  9],
       [ 1,  2,  3,  4,  5,  6,  7,  8,  9, 10],
       [ 2,  3,  4,  5,  6,  7,  8,  9, 10, 11],
       [ 3,  4,  5,  6,  7,  8,  9, 10, 11, 12],
       [ 4,  5,  6,  7,  8,  9, 10, 11, 12, 13],
       [ 5,  6,  7,  8,  9, 10, 11, 12, 13, 14],
       [ 6,  7,  8,  9, 10, 11, 12, 13, 14, 15],
       [ 7,  8,  9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16],
       [ 8,  9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17],
       [ 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18]])
>>> with open('foo.dat','wb') as foo:
...     for (i,j),dat in np.ndenumerate(b):
...         s = struct.pack('4f',i,j,dat,dat)
...         foo.write(s)
... 

所以这里我只为每个数据点写入4个浮点值。同样,这是您使用fortran已经完成的工作。现在绘制它:

splot 'foo.dat' binary record=(10,-1) format='%float' u 1:2:3:4 w pm3d

我认为这指定每个“扫描”都是“记录”。因为我知道每次扫描将是10个浮点数,这将成为record列表中的第一个索引。 -1表示gnuplot应该一直读取记录,直到找到文件的结尾。