Question

我一直在努力找到一种时间有效的方法来合并R中的多个光栅图像。这些是来自乞力马扎罗山南部地区的相邻ASTER场景，我的目标是将它们放在一起以获得一个大图像。

这是我到目前为止（对象'ast14dmo'代表RasterLayer对象列表）：

# Loop through single ASTER scenes
for (i in seq(ast14dmo.sd)) {
  if (i == 1) {
    # Merge current with subsequent scene
    ast14dmo.sd.mrg <- merge(ast14dmo.sd[[i]], ast14dmo.sd[[i+1]], tolerance = 1)
  } else if (i > 1 && i < length(ast14dmo.sd)) {
    tmp.mrg <- merge(ast14dmo.sd[[i]], ast14dmo.sd[[i+1]], tolerance = 1)
    ast14dmo.sd.mrg <- merge(ast14dmo.sd.mrg, tmp.mrg, tolerance = 1)
  } else {
    # Save merged image
    writeRaster(ast14dmo.sd.mrg, paste(path.mrg, "/AST14DMO_sd_", z, "m_mrg", sep = ""), format = "GTiff", overwrite = TRUE)
  }
}

正如您猜测的那样，代码可以运行。但是，考虑到每个单个栅格对象大约70 mb，合并需要很长时间。我也尝试过Reduce和do.call，但是由于我无法通过绕过光栅文件不同来源的“容差”这个参数而失败了。

有人知道如何加快速度吗？

Answer 1

您可以使用do.call

ast14dmo.sd$tolerance <- 1
ast14dmo.sd$filename <- paste(path.mrg, "/AST14DMO_sd_", z, "m_mrg.tif", sep = "")
ast14dmo.sd$overwrite <- TRUE
mm <- do.call(merge, ast14dmo.sd)

这里有一些数据，来自raster::merge

中的示例

r1 <- raster(xmx=-150, ymn=60, ncols=30, nrows=30)
r1[] <- 1:ncell(r1)
r2 <- raster(xmn=-100, xmx=-50, ymx=50, ymn=30)
res(r2) <- c(xres(r1), yres(r1))
r2[] <- 1:ncell(r2)

x <- list(r1, r2)
x$filename <- 'test.tif'
x$overwrite <- TRUE
m <- do.call(merge, x)

Answer 2

＆＃39;合并＆＃39; Raster包中的函数有点慢。对于大型项目，更快的选择是使用R。

中的gdal命令

library(gdalUtils)
library(rgdal)

构建要加入的所有光栅文件的列表（在当前工作目录中）。

all_my_rasts <- c('r1.tif', 'r2.tif', 'r3.tif')

制作要构建的模板栅格文件。可以想象这是一个用来添加瓷砖的大空白画布。

e <- extent(-131, -124, 49, 53)
template <- raster(e)
projection(template) <- '+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84 +no_defs'
writeRaster(template, file="MyBigNastyRasty.tif", format="GTiff")

将所有栅格图块合并为一个大栅格。

mosaic_rasters(gdalfile=all_my_rasts,dst_dataset="MyBigNastyRasty.tif",of="GTiff")
gdalinfo("MyBigNastyRasty.tif")

这应该对速度非常有效（比光栅包中的合并更快），但如果你有数以千计的瓷砖，你甚至可能想要首先考虑构建一个vrt。

Answer 3

您可以像这样使用Reduce：

Reduce(function(...)merge(...,tolerance=1),ast14dmo.sd)

Answer 4

我也遇到了同样的问题，所以我用

#Read desired files into R
data_name1<-'file_name1.tif' 

r1=raster(data_name1)

data_name2<-'file_name2.tif'

r2=raster(data_name2)

#Merge files
new_data <- raster::merge(r1, r2)

尽管它没有产生新的合并栅格文件，但它存储在数据环境中并在绘制时产生了合并地图。

Answer 5

SAGA GIS镶嵌工具（http://www.saga-gis.org/saga_tool_doc/7.3.0/grid_tools_3.html）为您合并数字图层提供了最大的灵活性，并且默认情况下会并行运行！您只需首先将所有栅格/图像转换为SAGA .sgrd格式，然后运行命令行saga_cmd。

Answer 6

我在尝试将多个栅格相互拼接时遇到了以下问题

In vv[is.na(vv)] <- getValues(x[[i]])[is.na(vv)] :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

正如@Robert Hijmans 所指出的，这可能是因为光栅未对齐。为了解决这个问题，我必须先对栅格重新采样

library(raster)

x  <- raster("Base_raster.tif")
r1 <- raster("Top1_raster.tif")
r2 <- raster("Top2_raster.tif")

# Resample
x1 <- resample(r1, crop(x, r1))
x2 <- resample(r2, crop(x, r2))

# Merge rasters. Make sure to use the right order
m <- merge(merge(x1, x2), x)

# Write output
writeRaster(m,
            filename = file.path("Mosaic_raster.tif"),
            format = "GTiff",
            overwrite = TRUE)

Answer 7

我已经使用 Matthew Bayly 提出的 gdalUtils 测试了该解决方案。它工作得很好而且很快（我有大约 1000 张图像要合并）。但是，在检查了 mosaic_raster 函数 here 的文档后，我发现它可以在拼接图像之前不制作模板光栅。我粘贴了以下文档中的示例代码：

outdir <- tempdir()
gdal_setInstallation()
valid_install <- !is.null(getOption("gdalUtils_gdalPath"))
if(require(raster) && require(rgdal) && valid_install)
{
layer1 <- system.file("external/tahoe_lidar_bareearth.tif", package="gdalUtils")
layer2 <- system.file("external/tahoe_lidar_highesthit.tif", package="gdalUtils")
mosaic_rasters(gdalfile=c(layer1,layer2),dst_dataset=file.path(outdir,"test_mosaic.envi"),
    separate=TRUE,of="ENVI",verbose=TRUE)
gdalinfo("test_mosaic.envi")

}

合并R中的多个栅格

7 个答案: