Question

我在python中创建一个代码，它必须使用grep，我在运行grep时遇到问题。我从'Infile'开始，然后剪切并排序该文件以创建'Infile.ids'。 'Infile.ids'包含“Infile”中的唯一ID。然后，我必须从“Infile.ids”逐行运行“Infile”中的ID，并将带有id的所有行提取到新的单独文件中。问题是当我在grep中运行它时，它会立即运行所有行，并且基本上会给我一些与原始“Infile”相同而不是单独的独特文件的文件。

这些是我想要获取的“Infile”和输出文件的示例。

Infile              Infile.ids    Infile.Hello     Infile.World      Infile.Adios
Hello 1 3 5 7       Hello         Hello 1 3 5 7    World 2 4 6 8     Adios 1 2 3 4
World 2 4 6 8       World         Hello a b c d    World e f g h     Adios i j k l
Adios 1 2 3 4       Adios
Hello a b c d
World e f g h
Adios i j k l

这是我到目前为止的代码：

#!/usr/bin/python

import sys
import os

Infile = sys.argv[1]

os.system("cut -d \" \" -f1 %s | sort -u > %s.ids" % (Infile, Infile))
Infile2 = "%s.ids" % Infile

handle = open("%s.ids" % Infile, "r")
line = handle.readline()

for line in handle:
    os.system("grep \"%s\" %s > %s.%s" % (line, Infile, Infile, line))
    line = handle.readline()

handle.close()

Answer 1

当您对handle进行迭代时，每个line最后会有一个换行符，Infile中的行显然没有（他们有“1 3 5 7” “先吃东西”。这就是你的grep失败的原因。

尝试

for line in handle.readlines():
    line = line.strip()
    os.system("grep \"%s\" %s > %s.%s" % (line, Infile, Infile, line))

并删除line = handle.readline()语句 - 如果您正在执行for循环，它将遍历读取行本身。如果你想使用显式读取调用，那么while循环会更合适（虽然我怀疑在这种情况下推荐）。

干杯

在Python中使用grep导出多个输出文件

1 个答案: