Question

我有一个数组填充短字符串（@pos）和第二个更大的数组（@exome）。我想在第二个数组中搜索与第一个数组中的字符串匹配。目标是打印@exome中具有匹配项的所有行

我使用perl这是我到目前为止所拥有的

#!/usr/bin/perl
use strict; use warnings;

my $pos = $ARGV[0];
my $exome = $ARGV[1];

open (F, "$pos") || die "Could not open $pos: $!\n";
my @pos = <F>;
close F;

open (F, "$exome") || die "Could not open $exome: $!\n";
my @exome = <F>;
close F;

foreach (@pos) {
    my @out = grep(/$_/, @exome);
    print @out
}

Answer 1

问题：

/$_/表示$_ =~ /$_/，所以也许您应该为模式使用不同的变量。
您不会将文本转换为正则表达式模式（可以使用quotemeta完成）
您可以输出两次相同的行。
请不要将全局变量用于文件句柄。
无需将搜索到的整个文件加载到内存中。

解决方案：

my ($pos_qfn, $exome_qfn) = @ARGV;

open(my $pos_fh, '<', $pos_qfn)
   or die("Could not open $pos_qfn: $!\n");
my @pos = <$pos_fh>;
chomp(@pos);

my $pat = join '|', map quotemeta, @pos;

open(my $exome_fh, '<', $exome_qfn)
   or die("Could not open $exome_qfn: $!\n");

while (<$exome_fh>) {
   print if /$pat/;
}

Answer 2

我认为@ikegami已经给出了一个相当不错的答案，但是，他似乎在打印的数组中出错......也许@ user2249959想要@exome数组打印... 所需的核心代码不超过两行：

my $grep_pos = join '|', @pos;
my @matched_results = grep { /$grep_pos/ } @exome;

嗯，您可以立即在第二行打印出来，但阵列中的元素之间不会有空格。两个foreach循环看起来不像Perl，只是在我看来......

P.S。我加了三点要注意 1.注意看不见的“\ n”或“\ r \ n”
2.注意每根弦的开头和结尾处的空白区域您可以使用简单的代码解决上述两点，例如：

map { chomp; s/^\s*|\s*$// } @pos;

这将删除前面或末尾的“\ n”（如果有）和白色空格（如果你认为没有意义）。在grep之前做3。更重要！小心@pos数组文件中的空行！
如果您的文件如下所示：

pos_1
pos_2
 <---- totally blank
pos_3

如果您仍然将这些行与'|'一起加入，它将变为'pos_1 | pos_2 || pos_3'，这意味着@exome中的任何内容都将匹配。（因为' || '）
chomp或s ///无济于事，你必须自己跳这一行小心：）

Perl grep两个数组

2 个答案: