Question

我在我的C ++程序中使用了一些HDF5文件，我对H5Dopen函数有疑问。是否可以在给定文件中获取hdf5数据集的维度？

hid_t file, dset;
herr_t status;
file = H5Fopen (filenameField, H5F_ACC_RDONLY, H5P_DEFAULT);
dset = H5Dopen (file, "/xField", H5P_DEFAULT);

在我执行下一行之前，我想获得dset的尺寸。

status = H5Dread (dset, H5T_NATIVE_DOUBLE, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT,  &readBuf[0]);

我只找到H5Dget_storage_size，但这不符合我的情况。

有谁知道怎么做？

Answer 1

为此，您需要使用以H5 S 为前缀的数据空格函数。

HDF5 reference manual使用这些前缀进行组织，因此有助于理解这一点。

如何获取数据集的维度

首先，您需要使用H5Dget_space从数据集中获取数据空间：

hid_t dspace = H5Dget_space(dset);

如果您的数据空间简单（即不是 null 或标量），那么您可以使用{{3获取维度数量}}：

const int ndims = H5Sget_simple_extent_ndims(dspace);

以及使用H5Sget_simple_extent_ndims的每个维度的大小：

hsize_t dims[ndims];
H5Sget_simple_extent_dims(dspace, dims, NULL);

尺寸现在存储在dims。

中

Answer 2

或者，这可以这样做（如果是简单的数据空间，请参阅Simons答案，如果需要，请查看bool H5::DataSpace::isSimple() const）：

  #include "H5Cpp.h"
  using namespace H5;
  //[...]
  DataSpace dataspace(RANK, dims);
  //[...]
  /*
   * Get the number of dimensions in the dataspace.
   */
  const int rank = dataspace.getSimpleExtentNdims();

在大多数情况下，这一行可能是多余的，因为整个任务可以分为两行：

  /*
   * Get the dimension size of each dimension in the dataspace and
   * store the dimentionality in ndims.
   */
  hsize_t dims_out[rank];
  const int ndims = dataspace.getSimpleExtentDims( dims_out, NULL);

可以将函数getSimpleExtentNdims()称为H5::DataSpace实例的成员。

这些代码段取自最近examples page的HDF5 C++ reference manual（readdata.cpp）。

使用h5c++编译所有内容，它应该可以正常工作。

获取HDF5数据集的尺寸

2 个答案:

如何获取数据集的维度