Question

我错过了什么，或者这是Gephi脚本控制台中的一个奇怪的错误？

控制台显示边但没有节点

例如

>>> len(g.edges)
4314
>>> len(g.nodes)
1

>>> g.edges
set([e8926, e8794, e7024 ......])
>>> g.nodes
set([None])

您可以使用Gephi提供的数据集 Power Grid.gml 来复制错误。我在here for example 的几个数据集上对此进行了测试，得到了同样的错误。

我做错了吗？

Answer 1

有一个名为“数据表”的插件，当您安装它时，您可以看到数据集的结构。我有一个完全相同的问题，我理解节点ID，是一个字符串而不是数字。如果你想在脚本中看到插件执行g.nodes（）命令在Console Scripting Plugin中的区别，你可以看到（来自“数据表”插件）新创建的节点的id是一个不是字符串的数字。当您在Gephi控制台中执行g.nodes或len（g.nodes）时，您可以看到新创建的节点。我用这种方式解决它：我安装了一个名为“数据表”的插件，在“导出表”中，选择它，它告诉你需要导出哪些列，你选择你想要的但不是Id，然后选择一个分隔符然后按确定它会保存它。创建一个新项目，打开“数据表”插件，然后单击“导入SpreadSheet”从这里你可以插入你的数据集与一个名为“Id”的新列，gephi自己将它添加到你的DataSet

Answer 2

在原始问题发布两年后，bug仍然存在于Gephi的Jython控制台中：

>>> g.nodes
set([None])

但是，我找到了一种解决方法，可以通过脚本控制台直接操作节点，如下所示：

>>> graph = g.getUnderlyingGraph()
>>> nodes = [node for node in graph.nodes]
>>> nodes
[n0, n1, n2, n3, n4, n5, n6, n7, ...

通过这样做，我能够像这样操作节点属性：

>>> node = nodes[0]
>>> attr = node.attributes
>>> value = attr.getValue('attribute_name')
>>> new_value = do_something(value)
>>> attr.setValue('attribute_name', new_value)

Answer 3

这是我在python中编写的一个脚本，如果你在完成user1290329在这里完成的操作后遇到问题，你将无法恢复原状[https://stackoverflow.com/a/15827459/1645451]

这基本上会将您的新gephi创建的整数Id列映射到边表。

    import pandas as pd

    # Once you have re-imported your CSV, and your ID is an Int, 
    # but your edge table is still messed up
    nodes = pd.read_csv('nodes_table.csv')
    edges = pd.read_csv('edges_table.csv')

    # delete any unnecessary cols
    del edges['Label']


    # Create a dictionary with your Node name as the key, 
    # and its Gephi int Id as the value
    # To do this Set index to be col you want the dict keys to be
    # and the dict values will be col you specifiy in the brackets after 'ie ['Id']
    node_dict = nodes.set_index('Label')['Id'].to_dict()

    # Then use the map function, col you are mapping with should have they keys
    # And will fill with value of key when matched
    # In this case we just over-write the Source and Target cols
    edges['Source'] = edges['Source'].map(node_dict)
    edges['Target'] = edges['Target'].map(node_dict)

    edges.to_csv('edges_formatted_for_gephi.csv', index=False)
    edges.head()

现在在gephi数据实验室中，导入电子表格，确保选择边缘选项，然后单击选择＆＃39; edges_formatted_for_gephi.csv＆＃39;，取消选中创建缺失节点，你的边缘应该回到你的gephi中图形。：）

Gephi脚本控制台没有显示节点

3 个答案: