M-by-N形状numpy.ndarray的滑动窗口

时间:2013-03-30 19:04:46

标签: python numpy time-series sliding-window

我有一个numpy数组(6,2)

[[00,01],
 [10,11],
 [20,21],
 [30,31],
 [40,41],
 [50,51]]

我需要一个步长为1且窗口大小为3的滑动窗口:

[[00,01,10,11,20,21],
 [10,11,20,21,30,31],
 [20,21,30,31,40,41],
 [30,31,40,41,50,51]]

我正在寻找一个笨拙的解决方案。如果您的解决方案可以参数化原始数组的形状以及窗口大小和步长,那就太好了。

我找到了相关的答案Using strides for an efficient moving average filter,但我没有看到如何指定那里的步长以及如何将窗口从3d折叠到连续的2d数组。另外这个Rolling or sliding window iterator in Python但是在Python中,我不确定它的效率如何。此外,它支持元素,但如果每个元素都有多个特征,则最终不会将它们连接在一起。

8 个答案:

答案 0 :(得分:30)

您可以使用花式索引在numpy中执行矢量化滑动窗口。

>>> import numpy as np

>>> a = np.array([[00,01], [10,11], [20,21], [30,31], [40,41], [50,51]])

>>> a
array([[ 0,  1],
       [10, 11],
       [20, 21],                      #define our 2d numpy array
       [30, 31],
       [40, 41],
       [50, 51]])

>>> a = a.flatten()

>>> a
array([ 0,  1, 10, 11, 20, 21, 30, 31, 40, 41, 50, 51])    #flattened numpy array

>>> indexer = np.arange(6)[None, :] + 2*np.arange(4)[:, None]

>>> indexer
array([[ 0,  1,  2,  3,  4,  5],
       [ 2,  3,  4,  5,  6,  7],            #sliding window indices
       [ 4,  5,  6,  7,  8,  9],
       [ 6,  7,  8,  9, 10, 11]])

>>> a[indexer]
array([[ 0,  1, 10, 11, 20, 21],
       [10, 11, 20, 21, 30, 31],            #values of a over sliding window
       [20, 21, 30, 31, 40, 41],
       [30, 31, 40, 41, 50, 51]])

>>> np.sum(a[indexer], axis=1)
array([ 63, 123, 183, 243])         #sum of values in 'a' under the sliding window.

解释此代码的用途。

np.arange(6)[None, :]创建一个行向量0到6,np.arange(4)[:, None]创建一个列向量0到4.这导致一个4x6矩阵,其中每一行(其中六个)代表一个窗口,并且行数(其中四个)表示窗口数。 2的倍数使滑动窗口每次滑动2个单位,这是在每个元组上滑动所必需的。使用numpy数组切片,你可以将滑动窗口传递给展平的numpy数组,并像总和那样聚合它们。

答案 1 :(得分:25)

In [1]: import numpy as np

In [2]: a = np.array([[00,01], [10,11], [20,21], [30,31], [40,41], [50,51]])

In [3]: w = np.hstack((a[:-2],a[1:-1],a[2:]))

In [4]: w
Out[4]: 
array([[ 0,  1, 10, 11, 20, 21],
       [10, 11, 20, 21, 30, 31],
       [20, 21, 30, 31, 40, 41],
       [30, 31, 40, 41, 50, 51]])

您可以将其写为函数:

def window_stack(a, stepsize=1, width=3):
    n = a.shape[0]
    return np.hstack( a[i:1+n+i-width:stepsize] for i in range(0,width) )

只要a.ndim = 2,这并不真正取决于原始数组的形状。请注意,我从不在交互式版本中使用任何长度。形状的第二个维度是无关紧要的;每行可以随意长。感谢@ Jaime的建议,你可以在不检查形状的情况下完成:

def window_stack(a, stepsize=1, width=3):
    return np.hstack( a[i:1+i-width or None:stepsize] for i in range(0,width) )

答案 2 :(得分:21)

解决方案是

np.lib.stride_tricks.as_strided(a, shape=(4,6), strides=(8,4))

当你开始考虑指针/地址时,使用步幅很直观。

as_strided()方法有3个参数。

  1. 数据
  2. 形状
  3. 进步
  4. data 是我们要操作的数组。

    要使用as_strided()来实现滑动窗口函数,我们必须事先计算输出的形状。在问题中,(4,6)是输出的形状。如果尺寸不正确,我们最终会读取垃圾值。这是因为我们通过将指针移动几个字节来访问数据(取决于数据类型)。

    确定步幅的正确值对于获得预期结果至关重要。 在计算步幅之前,使用arr.strides[-1]找出每个元素占用的内存。在此示例中,一个元素占用的内存为4个字节。 Numpy数组以行主要方式创建。下一行的第一个元素紧挨着当前行的最后一个元素。

    例: 0,1 | 10,11 | ...

    10就在1旁边。

    想象一下,2D阵列重新形成1D(这是可以接受的,因为数据以行主格式存储)。输出中每行的第一个元素是1D数组中的奇数索引元素。 0,10,20,30,..

    因此,我们需要从0到10,10到20等内存中的步骤数是 2 *元素的内存大小。每行的步幅为2 * 4bytes = 8。 对于输出中的给定行,所有元素在我们想象的1D数组中彼此相邻。要获得连续的下一个元素,只需要一个等于元素大小的步幅。列stride的值是4个字节。

    因此,strides=(8,4)

    另一种解释: 输出的形状为(4,6)。列步长4。因此,第一行元素从索引0开始,并且有6个元素,每个元素间隔4个字节。 收集第一行后,第二行从当前行的开始开始8个字节。第三行从第二行的起点开始8个字节,依此类推。

    Shape确定我们需要的行数和列数。 strides定义内存步骤以开始行并收集列元素

答案 3 :(得分:7)

使用more_itertools.windowed 1 可以实现短列表理解:

<强>鉴于

import numpy as np
import more_itertools as mit


a = [["00","01"],
     ["10","11"],
     ["20","21"],
     ["30","31"],
     ["40","41"],
     ["50","51"]]

b = np.array(a)

<强>代码

np.array([list(mit.flatten(w)) for w in mit.windowed(a, n=3)])

np.array([[i for item in w for i in item] for w in mit.windowed(a, n=3)])

np.array(list(mit.windowed(b.ravel(), n=6)))

输出

array([['00', '01', '10', '11', '20', '21'],
       ['10', '11', '20', '21', '30', '31'],
       ['20', '21', '30', '31', '40', '41'],
       ['30', '31', '40', '41', '50', '51']], 
      dtype='<U2')

创建并展平尺寸为n=3的滑动窗口。请注意,默认步长为more_itertools.windowed(..., step=1)

<强>性能

作为一个数组,接受的答案是最快的。

%timeit np.hstack((a[:-2], a[1:-1], a[2:]))
# 37.5 µs ± 1.88 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10000 loops each)
%timeit np.hstack((b[:-2], b[1:-1], b[2:]))
# 12.9 µs ± 166 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100000 loops each)

%timeit np.array([list(mit.flatten(w)) for w in mit.windowed(a, n=3)])
# 23.2 µs ± 1.73 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10000 loops each)
%timeit np.array([[i for item in w for i in item] for w in mit.windowed(a, n=3)])
# 21.2 µs ± 999 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10000 loops each)
%timeit np.array(list(mit.windowed(b.ravel(), n=6)))
# 43.4 µs ± 374 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10000 loops each)

实施itertool recipes的第三方库和许多有用的工具。

答案 4 :(得分:7)

Numpy 1.20开始,使用新的sliding_window_view来滑动/滚动元素窗口,基于与user42541's answer相同的想法,我们可以这样做:

import numpy as np
from numpy.lib.stride_tricks import sliding_window_view

# values = np.array([[0,1], [10,11], [20,21], [30,31], [40,41], [50,51]])
sliding_window_view(values.flatten(), window_shape = 2*3)[::2]
# array([[ 0,  1, 10, 11, 20, 21],
#        [10, 11, 20, 21, 30, 31],
#        [20, 21, 30, 31, 40, 41],
#        [30, 31, 40, 41, 50, 51]])

其中 2 是子数组的大小,3 是窗口。


中间步骤的详细信息:

# values = np.array([[0,1], [10,11], [20,21], [30,31], [40,41], [50,51]])

# Flatten the array (concatenate sub-arrays):
values.flatten()
# array([ 0,  1, 10, 11, 20, 21, 30, 31, 40, 41, 50, 51])

# Slide through windows of size 2*3=6:
sliding_window_view(values.flatten(), 2*3)
# array([[ 0,  1, 10, 11, 20, 21],
#        [ 1, 10, 11, 20, 21, 30],
#        [10, 11, 20, 21, 30, 31],
#        [11, 20, 21, 30, 31, 40],
#        [20, 21, 30, 31, 40, 41],
#        [21, 30, 31, 40, 41, 50],
#        [30, 31, 40, 41, 50, 51]])

# Only keep even rows (1 row in 2 - if sub-arrays have a size of x, then replace 2 with x):
sliding_window_view(values.flatten(), 2*3)[::2]
# array([[ 0,  1, 10, 11, 20, 21],
#        [10, 11, 20, 21, 30, 31],
#        [20, 21, 30, 31, 40, 41],
#        [30, 31, 40, 41, 50, 51]])

答案 5 :(得分:3)

从 NumPy 版本 1.20.0 开始,这可以使用

np.lib.stride_tricks.sliding_window_view(arr, winsize)

示例:

>>> arr = np.arange(0, 9).reshape((3, 3))
>>> np.lib.stride_tricks.sliding_window_view(arr, (2, 2))

array([[[[0, 1],
         [3, 4]],

        [[1, 2],
         [4, 5]]],


       [[[3, 4],
         [6, 7]],

        [[4, 5],
         [7, 8]]]])

您可以阅读更多相关信息here

答案 6 :(得分:0)

这是一个纯Python实现:

def sliding_window(arr, window=3):
    i = iter(arr)
    a = []
    for e in range(0, window): a.append(next(i))
    yield a
    for e in i:
        a = a[1:] + [e]
        yield a

一个例子:

# flatten array
flatten = lambda l: [item for sublist in l for item in sublist]

a = [[0,1], [10,11], [20,21], [30,31], [40,41], [50,51]]
w = sliding_window(a, width=3)
print( list(map(flatten,w)) )

[[0, 1, 10, 11, 20, 21], [10, 11, 20, 21, 30, 31], [20, 21, 30, 31, 40, 41], [30, 31, 40, 41, 50, 51]]

基准

import timeit
def benchmark():
  a = [[0,1], [10,11], [20,21], [30,31], [40,41], [50,51]]
  sliding_window(a, width=3)

times = timeit.Timer(benchmark).repeat(3, number=1000)
time_taken = min(times) / 1000
print(time_taken)

1.0944640007437556e-06

答案 7 :(得分:0)

这里是使用Numpy> = v1.17的一行

splits = np.vstack(np.split(x,np.array([[i, i+3] for i in range(x.shape[0] - x.shape[1])]).reshape(-1))).reshape(-1, 6) 

测试

x = np.array([[00,1],
              [10,11],
              [20,21],
              [30,31],
              [40,41],
              [50,51]])

结果

[[ 0  1 10 11 20 21]
 [10 11 20 21 30 31]
 [20 21 30 31 40 41]
 [30 31 40 41 50 51]]

在大型阵列上测试性能

import numpy as np
import time

x = np.array(range(1000)).reshape(-1, 2)

all_t = 0.
for i in range(1000):
    start_ = time.time()
    np.vstack(
        numpy.split(x,np.array([[i, i+3] for i in range(x.shape[0] - x.shape[1])])
                    .reshape(-1))).reshape(-1, 6)
    all_t += time.time() - start_

print('Average Time of 1000 Iterations on Array of Shape '
      '1000 x 2 is: {} Seconds.'.format(all_t/1000.))

效果结果

Average Time of 1000 Iterations on Array of Shape 1000 x 2 is: 0.0016909 Seconds.