Question

我昨天刚开始使用Python，并且使用scipy.integrate.odeint收到错误。

我已经定义了一个函数

def SIR(x, t, beta, gamma, mu, M):

采用numpy.array个对象x，t和M;标量浮动beta，gamma和mu。

M的大小为(60,60)，但我认为这不重要。

x和t都是非单独的，x.shape为(180,)，t.shape为(5000,)。我试过给它们一个单独的维度，这样它们分别有(180,1)和(5000,1)形状，但我仍然得到同样的错误：

In [1]: run measles_age.py
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/IPython/utils/py3compat.py in execfile(fname, *where)
    173             else:
    174                 filename = fname
--> 175             __builtin__.execfile(filename, *where)

/Users/qcaudron/Documents/SIR/measles_age.py in <module>()
    111 
    112 
--> 113         x = integrate.odeint(SIR, x0, t, args=(beta, gamma, mu, M));
    114 
    115 #       plot(t, x);


/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/7.3/lib/python2.7/site-packages/scipy/integrate/odepack.py in odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, full_output, ml, mu, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin, ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords, printmessg)
    141     output = _odepack.odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, ml, mu,
    142                              full_output, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin,
--> 143                              ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords)
    144     if output[-1] < 0:
    145         print _msgs[output[-1]]

即使SIR只返回x，我也会收到此错误，如果我将所有参数从x和t除去：

def SIR(x, t):
    return x;

如您所见，导致错误的行是

x = integrate.odeint(SIR, x0, t, args=(beta, gamma, mu, M));

编辑：

我被要求添加SIR方法的完整代码。因为它相对较长，我已经在pastebin中删除了完整的.py脚本： http://pastebin.com/RphJbCHN

再次感谢。

Answer 1

我可以通过多种方式重现您的错误。

如果y0参数或t的{{1}}参数不是1-D数组，则会立即发生错误。在pastebin上发布的代码示例中（在评论中引用），odeint被重新整形为：

删除重塑t = np.arange(0, 520, 1); t = t.reshape(len(t),1);的行。 t必须是一维数组，而不是具有形状（len（t），1）的二维数组。

例如......

这有效......

In [177]: def SIR(x, t):
   .....:     return x
   .....:

这会导致错误：

In [178]: x0 = [0.1, 0.2]

In [179]: odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1])
Out[179]: 
array([[ 0.1       ,  0.2       ],
       [ 0.16487213,  0.32974426],
       [ 0.27182822,  0.54365643]])

检查你给In [180]: x0 = [[0.1, 0.2]] # wrong shape In [181]: odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1]) --------------------------------------------------------------------------- ValueError Traceback (most recent call last) <ipython-input-181-a37878f92395> in <module>() ----> 1 odeint(SIR, x0, t=[0, 0.5, 1]) /home/warren/anaconda/lib/python2.7/site-packages/scipy/integrate/odepack.pyc in odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, full_output, ml, mu, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin, ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords, printmessg) 142 output = _odepack.odeint(func, y0, t, args, Dfun, col_deriv, ml, mu, 143 full_output, rtol, atol, tcrit, h0, hmax, hmin, --> 144 ixpr, mxstep, mxhnil, mxordn, mxords) 145 if output[-1] < 0: 146 print _msgs[output[-1]] ValueError: object too deep for desired array（第二个参数）的初始条件是 1-D numpy数组（不是形状为（1,180）的二维数组或（180,1））。

如果odeint 返回形状错误的数组，我也会得到'对象太深......'错误。它必须返回 1-D 数组，其形状与第一个参数相同。确保它是真正的1-D，而不是形状为（1,180）或（180,1）的2-D。

Answer 2

从tutorial来看，integrate.odeint()的第一个参数需要是一个函数来操作（在您的情况下）x0和t。由于您的SIR()函数只接受一个参数，因此操作失败。从SIR()返回的结果的大小和/或形状可能与其余参数相关。

对象太深了所需的数组 - scipy.integrate.odeint

2 个答案: