控制R中ggplot2中的点的顺序？

Question

假设我正在绘制R中ggplot2中的密集散点图，其中每个点可能会用不同的颜色标记：

df <- data.frame(x=rnorm(500))
df$y = rnorm(500)*0.1 + df$x
df$label <- c("a")
df$label[50] <- "point"
df$size <- 2
ggplot(df) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=label, size=size))

当我这样做时，标有“点”（绿色）的散点被绘制在具有标签“a”的红点之上。什么控制ggplot中的这个z排序，即控制哪个点位于哪个点之上？例如，如果我希望所有“a”点都位于标记为“point”的所有点之上（意味着它们有时会部分或完全隐藏该点），该怎么办？这取决于标签的字母数字排序吗？我想找到一个可以轻松转换为rpy2的解决方案。感谢

Answer 1

ggplot2将逐层创建绘图，在每个图层中，绘图顺序由geom类型定义。默认设置是按照它们在data中的显示顺序进行绘制。

如果不同，请注意。例如

  

geom_line

     

连接观察结果，按x值排序。

和

  

geom_path

     

按数据顺序连接观察

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还有known issues regarding the ordering of factors，有趣的是要注意包工作者Hadley的回应

  

绘图的显示应该与数据框的顺序不变 - 其他任何东西都是错误。

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记住这一点，一个图层是按照指定的顺序绘制的，因此过度绘制可能是一个问题，尤其是在创建密集的散点图时。因此，如果您想要一致的图（而不是依赖于数据框中的顺序的图），您需要多考虑一下。

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创建第二层

如果您希望某些值显示在其他值之上，则可以使用subset参数创建第二层，以便之后明确绘制。您需要明确加载plyr包，以便.()可以使用。

set.seed(1234)
df <- data.frame(x=rnorm(500))
df$y = rnorm(500)*0.1 + df$x
df$label <- c("a")
df$label[50] <- "point"
df$size <- 2
library(plyr)
ggplot(df) + geom_point(aes(x = x, y = y, color = label, size = size)) +
  geom_point(aes(x = x, y = y, color = label, size = size), 
             subset = .(label == 'point'))

的更新

在ggplot2_2.0.0中，不推荐使用subset参数。使用例如base::subset选择data参数中指定的相关数据。而且无需加载plyr：

ggplot(df) +
  geom_point(aes(x = x, y = y, color = label,  size = size)) +
  geom_point(data = subset(df, label == 'point'),
             aes(x = x, y = y, color = label, size = size))

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或使用alpha

避免过度绘图问题的另一种方法是设置点的alpha（透明度）。这不会像上面明确的第二层方法那样有效，但是，通过明智地使用scale_alpha_manual，你应该可以使某些东西起作用。

例如

# set alpha = 1 (no transparency) for your point(s) of interest
# and a low value otherwise
ggplot(df) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=label, size=size,alpha = label)) + 
  scale_alpha_manual(guide='none', values = list(a = 0.2, point = 1))

Answer 2

2016年更新：

订单审美has been deprecated，所以此时最简单的方法是对data.frame进行排序，使绿点位于底部，并最后绘制。如果您不想更改原始data.frame，可以在ggplot调用期间对其进行排序 - 这是一个使用dplyr包中的%>%和arrange来执行此操作的示例飞行排序：

library(dplyr)
ggplot(df %>%
         arrange(label),
       aes(x = x, y = y, color = label, size = size)) +
  geom_point()

ggplot2版本的原始2015年答案＆lt; 2.0.0

在ggplot2中，您可以使用order aesthetic指定绘制点的顺序。绘制的最后一个将显示在顶部。要应用此功能，您可以创建一个变量，其中包含您要绘制点的顺序。

通过将绿点绘制在其他绿色点之后将绿点放在顶部：

df$order <- ifelse(df$label=="a", 1, 2)
ggplot(df) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=label, size=size, order=order))

或者首先绘制绿点并将其埋葬，然后按相反顺序绘制点：

ggplot(df) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=label, size=size, order=-order))

对于这个简单的示例，您可以跳过创建新的排序变量，只需将label变量强制转换为因子，然后强制转换为数字：

ggplot(df) +
  geom_point(aes(x=x, y=y, color=label, size=size, order=as.numeric(factor(df$label))))

Answer 3

这里的基本问题可以这样改写：

  

如何控制情节图层？

在'ggplot2'包中，您可以通过将每个不同的图层拆分为不同的命令来快速完成此操作。在层次方面进行思考需要一些练习，但它基本上归结为您想要在其他事物上绘制的内容。你是从背景向上构建的。

准备：准备样本数据。此步骤仅对此示例是必需的，因为我们没有可用的实际数据。

# Establish random seed to make data reproducible.
set.seed(1)

# Generate sample data.
df <- data.frame(x=rnorm(500))
df$y = rnorm(500)*0.1 + df$x

# Initialize 'label' and 'size' default values.
df$label <- "a"
df$size <- 2

# Label and size our "special" point.
df$label[50] <- "point"
df$size[50] <- 4

您可能会注意到我为示例添加了不同的尺寸，以使图层区别更加清晰。

第1步：将数据分成多个层。在使用'ggplot'功能之前，请务必执行此操作。尝试使用'ggplot'函数进行数据操作会导致太多人陷入困境。在这里，我们想要创建两个层：一个带有“a”标签，另一个带有“点”标签。

df_layer_1 <- df[df$label=="a",]
df_layer_2 <- df[df$label=="point",]

您可以使用其他功能执行此操作，但我只是快速使用数据帧匹配逻辑来提取数据。

第2步：将数据绘制为图层。我们想首先绘制所有“a”数据，然后绘制所有“点”数据。

ggplot() + 
    geom_point(
        data=df_layer_1,
        aes(x=x, y=y), 
        colour="orange", 
        size=df_layer_1$size) +
    geom_point(
        data=df_layer_2, 
        aes(x=x, y=y), 
        colour="blue", 
        size=df_layer_2$size)

请注意，基础图层ggplot()没有分配数据。这很重要，因为我们将覆盖每个图层的数据。然后，我们有两个单独的点几何图层geom_point(...)，它们使用自己的规范。 x和y轴将被共享，但我们将使用不同的数据，颜色和大小。

将颜色和大小规格移到aes(...)函数之外非常重要，因此我们可以按字面指定这些值。否则，'ggplot'函数通常会根据数据中的级别指定颜色和大小。例如，如果数据中的大小值为2和5，则会为值2的任何匹配项指定默认大小，并为值5的任何匹配项指定一些更大的大小。'aes'函数规范不会使用值2和5作为大小。颜色也是如此。我有精确的尺寸和颜色，所以我将这些参数移到'geom_plot'函数本身。此外，'aes'功能中的任何规范都将被放入图例中，这可能真的没用。

最后的注意事项：在这个例子中，您可以通过多种方式实现想要的结果，但了解'ggplot2'层的工作方式非常重要，以便充分利用您的'ggplot '图表。只要在调用'ggplot'函数之前将数据分成不同的层，就可以很好地控制在屏幕上绘制内容的方式。

Answer 4

按照data.frame中的行顺序绘制。试试这个：

df2 <- rbind(df[-50,],df[50,])
ggplot(df2) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=label, size=size))

如您所见，最后绘制绿点，因为它代表data.frame的最后一行。

这是一种命令data.frame首先绘制绿点的方法：

df2 <- df[order(-as.numeric(factor(df$label))),]