Question

我想在Ubuntu下检查R-devel的R包。

我安装了R-devel http://www.personal.psu.edu/mar36/blogs/the_ubuntu_r_blog/2012/08/installing-the-development-version-of-r-on-ubuntu-alongside-the-current-version-of-r.html

我找到了Mac OS指南。 http://www.nicebread.de/how-to-check-your-package-with-r-devel/

我试过R CMD check pkg --as-cran，但它仍然是用来检查的稳定R版本。如何让R-devel用于检查？

提前致谢！

Answer 1

可能您已经省略了链接到的博客文章中提到的最后一步。您需要更改许多环境变量以指向R的新开发版本。该帖子建议创建一个脚本来运行R的开发版本：

#!/bin/bash
# This assmues the dev version of R is installed in /usr/local/

export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library::/usr/lib/R/library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

您可以将其保存在$PATH中的某个位置，并将其命名为R-devel。确保使用chmod使脚本可执行。然后你可以像这样启动R-devel：

R-devel CMD check pkg --as-cran

Answer 2

我根据bioc-devel邮件列表的建议得到alternative method。假设你想在你的主目录中安装r-devel，比如~/R-devel/，这就是你要做的：

首先，设置环境变量，以便我们不需要重复目录的名称。源的目录和已编译的发行版的目录。当然，无论你喜欢什么，它们都可以在任何地方：

export RSOURCES=~/src
export RDEVEL=~/R-devel

现在，获取源+推荐的包：

mkdir -p $RSOURCES
cd $RSOURCES
svn co https://svn.r-project.org/R/trunk R-devel
R-devel/tools/rsync-recommended

接下来，构建R和包：

mkdir -p $RDEVEL
cd $RDEVEL
$RSOURCES/R-devel/configure && make -j

那就是你，你已经完成了。只需将以下内容保存在某个可执行脚本中即可运行开发版本：

#!/bin/bash
export R_LIBS=~/R-devel/library
R "$@"

这是一个脚本，可以自动将脚本保存到〜/ bin /目录中：

cat <<EOF>~/bin/Rdev;
#!/bin/bash

export R_LIBS=$RDEVEL/library
export PATH="$RDEVEL/bin/:\$PATH"
R "\$@"
EOF
chmod a+x ~/bin/Rdev

现在您可以像运行Rdev一样运行R，并且您将拥有R的开发版本，它将在$RDEVEL/library中安装软件包。

在稳定版本旁边运行R的开发版本

2 个答案: