当我使用knitr和Rscript与opts_chunk时执行停止

时间:2013-03-26 15:00:38

标签: r bash knitr rscript

我在Mac OS中写了一个bash脚本,它接受我的.rnw文件,编织它然后制作.pdf。要编织我的文件,我正在使用命令

Rscript -e "library(knitr); knit('file.rnw', encoding='utf8')"

一切正常。但是,我不想在我的最终文档中使用##字符。我使用R提示符测试了以下命令

library(knitr)
opts_chunk$set(comment=NA)
knit('file.rnw', encoding='utf8')

他们给了我我想要的东西:R命令输出中没有注释的文件。但是,如果我尝试运行

Rscript -e "library(knitr); opts_chunk$set(comment=NA); knit('livro.rnw', encoding='utf8')"

我得到了

Error: could not find function "opts_chunk"
Execution halted

结果。我究竟做错了什么?如何使用命令行在knitr中为我的块请求选项?

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

当我说“在这里提出答案”时,我不确定Yihui的意思,但这里是Duncan Murdoch的R-help答案,Yihui批准了:

  

这看起来像是一个bash问题:它似乎正在替换$ set   一个空白字符串。使用适当的引用或转义告诉它不要   去做。 (我认为在命令周围使用单引号会起作用;   你需要双引号。)


并且Yihui补充说:

  

是的,我相信这就是问题所在。这里问同样的问题:   https://github.com/yihui/knitr/issues/162#issuecomment-9017997