Question

我想通过使用＆＃34; qsub -v＆＃34;将变量传递给perl脚本。命令。这是我要运行的perl脚本（它只是一个测试，但如果它没有工作，我就不能做任何更难的事情）

#!/usr/bin/perl
use Getopt::Long;
$result = GetOptions ("i=s" => \$config_file);

open(FILE,">/data/home/FILEout.txt");
open(FILE_CONFIG,"<$config_file");
while(<FILE_CONFIG>){
  print FILE "$config_file\n";
}
close(FILE_CONFIG);
close(FILE);

所以，如果我要运行这个脚本（而不是通过qsub），我会输入：

perl Test.pl -i FILE_CONFIG.txt

但是，我会在与pbs一起使用的集群的节点上运行此脚本。我做了几次尝试，如下所示：

qsub -l nodes=node06 -v i=/data/home/FILE_CONFIG.txt Test.pl

但它不起作用。任何人都知道如何使用qsub将参数传递给我的perl脚本？任何帮助都会非常感激

不起作用意味着使用qsub不会在输出文件上打印任何内容，而只使用perl它会在输出文件中打印输入文件的内容。看起来它在输入中没有任何作用

Answer 1

以这种方式提交工作会更容易：

echo "perl /absolute/path/to/Test.pl -i FILE_CONFIG.txt" | qsub -l nodes=node06

然后，只要您知道Test.pl位于您在node06上指定的路径中，它就可以正常工作。

Answer 2

qsub command不允许将命令行参数直接传递给输入脚本。有两种基本方法：

编写一个包装脚本，使用适当的参数调用您的实际脚本。您甚至可以将标签输入上的包装器脚本传递给qsub，如dbeer's answer所示，方法是将qsub命令中的脚本名称指定为“-”或省略它完全是。

请注意，如果执行此操作，则必须在包装器脚本中指定任何嵌入式#PBS指令，而不是在包装器调用的内部脚本中指定。当然，如果您没有使用该特定功能，那么您无需担心它。

通过环境传递参数，使用-v切换到qsub。也就是说，如果您的qsub命令如下所示：

qsub -l nodes=node06 -v CONFIG=/data/home/FILE_CONFIG.txt Test.pl

然后您的Test.pl脚本可以从$ENV{CONFIG}读取配置文件路径，如下所示：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $config = $ENV{CONFIG} || 'default_config_file_path.txt';
open CONFIG, '<', $config  or die "Error opening $config: $!\n";

# ... rest of script here ...

如何在perl脚本中使用PBS扭矩中的qsub -v命令？

2 个答案: