Question

我的数据看起来像这样（FASTA格式）。注意带有2“＆gt;块”标题和序列。

>SRR018006
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

我想要做的是附加一个文字（例如＆gt;标题中的“foo”）得到以下特性：

>SRR018006-foo
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006-foo
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

有没有办法用SED做到这一点？优选地在线修改原始文件。

Answer 1

这将做你想要的。

sed -ie 's/^\(>.*\)/\1-foo/' file

Answer 2

从您之前的帖子判断，您也有使用awk的经验：这是一个awk解决方案。

# awk '/^>/{print $0"-foo";next}1' file
>SRR018006-foo
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006-foo
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

# awk '/^>/{print $0"-foo";next}1' file > temp
# mv temp file

如果你坚持使用sed

# sed -e '/^>/s/$/-foo/' file

使用Sed将文本附加到现有的第一行

2 个答案: