Question

我有一个非常简单的任务要做，但不知怎的，我仍然被卡住了。

我有一个BIG数据文件（“File_initial.dat”），应由群集上的所有节点读取（使用MPI），每个节点将对此BIG文件的一部分执行一些操作（File_size / number_of_nodes）和最后，每个节点都会将其结果写入一个共享的BIG文件（“File_final.dat”）。文件元素的数量保持不变。

通过谷歌搜索，我明白，将数据文件写为二进制文件（我在此文件中只有十进制数字）而不是* .txt“文件更好。因为没有人会读取此文件，但只有电脑。
我试图实现自己（但使用格式化的输出和非二进制文件），但我的行为不正确。

到目前为止我的代码如下：

#include <fstream>
#define NNN 30

int main(int argc, char **argv)
{   
    ifstream fin;

    // setting MPI environment

    int rank, nprocs;
    MPI_File file;
    MPI_Init(&argc, &argv);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);

    // reading the initial file

    fin.open("initial.txt");
    for (int i=0;i<NNN;i++)
    {  
        fin  >> res[i];
        cout << res[i] << endl; // to see, what I have in the file
    }  
    fin.close();

    // starting position in the "res" array as a function of "rank" of process
    int Pstart = (NNN / nprocs) * rank ;
    // specifying Offset for writing to file
    MPI_Offset offset = sizeof(double)*rank;
    MPI_File file;
    MPI_Status status;

    // opening one shared file
    MPI_File_open(MPI_COMM_WORLD, "final.txt", MPI_MODE_CREATE|MPI_MODE_WRONLY,
                          MPI_INFO_NULL, &file);

    // setting local for each node array

    double * localArray;
    localArray = new double [NNN/nprocs];

    // Performing some basic manipulation (squaring each element of array)
    for (int i=0;i<(NNN / nprocs);i++)
    {
        localArray[i] = res[Pstart+i]*res[Pstart+i];
    }

    // Writing the result of each local array to the shared final file:

    MPI_File_seek(file, offset, MPI_SEEK_SET);
    MPI_File_write(file, localArray, sizeof(double), MPI_DOUBLE, &status);
    MPI_File_close(&file);

    MPI_Finalize();

    return 0;
}

我明白，在尝试将double写为文本文件时，我做错了。

如何更改代码以便能够保存

as .txt文件（格式输出）
as .dat file（二进制文件）

Answer 1

您的二进制文件输出几乎是正确的;但是您对文件中的偏移量和要写入的数据量的计算是不正确的。您希望偏移量为

MPI_Offset offset = sizeof(double)*Pstart;

不是

MPI_Offset offset = sizeof(double)*rank;

否则你将每个等级覆盖彼此的数据，因为（比如）nprocs=5中的等级3开始在文件中以双倍数3写入，而不是（30/5）* 3 = 18。

此外，您希望每个排名都写NNN/nprocs双打，而不是sizeof(double)双打，这意味着您想要

MPI_File_write(file, localArray, NNN/nprocs, MPI_DOUBLE, &status);

如何写为文本文件是一个更大的问题;你必须在内部将数据转换为字符串，然后输出这些字符串，确保通过仔细格式化知道每行需要多少个字符。这在本网站的this answer中有所描述。

使用MPI IO并行输出到单个文件

1 个答案: