使用KnitR以编程方式在R中创建Markdown表

时间：2013-03-18 22:41:20

标签： r markdown knitr r-markdown

我刚刚开始了解KnitR以及使用Markdown生成R文档和报告。这看起来非常适合我日常报道我与工作有关的事情。但是，我没有看到的一件事是使用Markdown格式打印数据框和表的简单方法（类似xtable，但使用Markdown而不是LaTeX或HTML）。我知道我可以从xtable中嵌入HTML输出，但我想知道是否有任何基于Markdown的解决方案？

8 个答案:

答案 0 :(得分：117)

现在knitr（自1.3版开始）包中包含创建表的kable函数：

> library(knitr)
> kable(head(iris[,1:3]), format = "markdown")
|  Sepal.Length|  Sepal.Width|  Petal.Length|
|-------------:|------------:|-------------:|
|           5,1|          3,5|           1,4|
|           4,9|          3,0|           1,4|
|           4,7|          3,2|           1,3|
|           4,6|          3,1|           1,5|
|           5,0|          3,6|           1,4|
|           5,4|          3,9|           1,7|

更新：如果您在文档中获得原始降价，请尝试设置results = "asis"块选项。

答案 1 :(得分：31)

执行此操作的两个程序包是pander 

library(devtools)
install_github('pander', 'Rapporter')

或ascii

pander是一种略微不同的报告构建方法，（但对此功能非常有用）。

ascii将允许print type = 'pandoc（或其他各种降价口味）

library(ascii)
print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc')



    **Sepal.Length**   **Sepal.Width**   **Petal.Length**  
--- ------------------ ----------------- ------------------
1   5.10               3.50              1.40              
2   4.90               3.00              1.40              
3   4.70               3.20              1.30              
4   4.60               3.10              1.50              
5   5.00               3.60              1.40              
6   5.40               3.90              1.70              
--- ------------------ ----------------- ------------------

请注意，在这两种情况下，都会将pandoc用于从降价转换为您所需的文档类型，但是使用style='rmarkdown'会创建与此markdown兼容的表格rstudio中的打包和内置转换。

答案 2 :(得分：25)

只是想用我所做的事情来更新这个。我现在正在使用hwriter包来打印表格，并使用row.*和col.*功能将CSS类放到不同的元素上。然后，我编写了自定义CSS来制作我想要的显示器。所以，这是一个例子，以防其他人处理类似的事情。

首先，创建一个将执行knitting并将Markdown更改为HTML的文件：

FILE: file_knit.r
#!/usr/bin/env Rscript

library(knitr)
library(markdown)

knit("file.Rmd")
markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")

接下来，创建实际的Markdown文件：

FILE: file.Rmd
Report of Fruit vs. Animal Choices
==================================

This is a report of fruit vs. animal choices.

```{r echo=FALSE,results='asis'}
library(hwriter)
set.seed(9850104)
my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE),
                    Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE))

tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2)

tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1))
tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1))

colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL"

# Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to 
# write out the table in HTML. Using hwrite()'s row.* function, I can assign classes
# to the various table elements.
cat(hwrite(tbl1,
           border=NA,
           table.class="t1",
           row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last"))))
```

最后，只需创建一个自定义CSS文件。

FILE: custom.css
body {
  font-family: sans-serif;
  background-color: white;
  font-size: 12px;
  margin: 20px;
}

h1 {font-size:1.5em;}

table {
  border: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  border-collapse: collapse;
  margin-bottom: 20px;
  text-align: center;
  padding: 0px;
}

.t1 .header {
  color: white;
  background-color: black;
  border-bottom: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  font-weight: bold;
}

.t1 .footer {
  border-top: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

.t1 .col_first {
  border-right: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  text-align: left;
  font-weight: bold;
  width: 75px;
}

.t1 .col {
  width: 50px;
}

.t1 .col_last {
  width: 50px;
  border-left: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

执行./file_knit.r会给我file.html，如下所示：

Example Output

所以，希望这可能对那些想要在Markdown输出中进行更多格式化的人有所帮助！

答案 3 :(得分：18)

pander包中有一些功能：

> library(pander)
> pandoc.table(head(iris)[, 1:3])

-------------------------------------------
 Sepal.Length   Sepal.Width   Petal.Length 
-------------- ------------- --------------
     5.1            3.5           1.4      

     4.9             3            1.4      

     4.7            3.2           1.3      

     4.6            3.1           1.5      

      5             3.6           1.4      

     5.4            3.9           1.7      
-------------------------------------------

答案 4 :(得分：12)

制作自己的自定义功能并不是很难。这是一个非常简单的概念证明，用于生成data.frame：

的rmarkdown表 
   rmarkdownTable <- function(df){
      cat(paste(names(df), collapse = "|"))
      cat("\n")
      cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
      cat("\n")

      for(i in 1:nrow(df)){
        cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
        cat("\n")
        }
    invisible(NULL)
    }

在.Rmd文档中，您将使用results = 'asis'的函数：

```{r, results = 'asis'}
rmarkdownTable <- function(df){
  cat(paste(names(df), collapse = "|"))
  cat("\n")
  cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
  cat("\n")

  for(i in 1:nrow(df)){
    cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
    cat("\n")
    }
invisible(NULL)
}

rmarkdownTable(head(iris))
```

上面的代码会给你下面的图（在示例中这是pdf输出，但由于表是在markdwon中，你可以编织成html或单词）。

enter image description here 从这里 - 阅读其他人的代码 - 你可以弄清楚如何操纵文本来生成你想要的表格，并创建更多个性化的功能。

答案 5 :(得分：3)

在降价文档中使用knitr :: kable和xtable的组合。

library("knitr","xtable")

表示简单的data.frame - 

kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")

format="pandoc"允许更多选项，如标题。

现在是模型摘要的组合。

data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")

如果有更多选项，请查看stargazer个包而不是xtable。

example for personal use

答案 6 :(得分：1)

要在R中编写/创建Markdown表，您还可以使用MarkdownReports' MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames()或MarkDown_Table_writer_NamedVector()个函数。您只需传递带有维度名称的数据框/矩阵，或带有名称的向量，然后解析＆amp;以Markdown格式写出表格。

答案 7 :(得分：0)

我对Gitlab的功能：

to_markdown<-function(df) {
    wrap<-function(x,sep=" ") paste0("|", sep, paste(x, collapse=paste0(sep,"|",sep)), sep, "|", sep=sep)
    paste0(wrap(colnames(df)),
    "\n",
    wrap(rep("------", ncol(df)),sep=""),
    "\n",
    paste(apply(df, 1, wrap), collapse="\n"))
}

cat(to_markdown(head(iris[,1:3])))

| Sepal.Length | Sepal.Width | Petal.Length | 
|------|------|------|
| 5.1 | 3.5 | 1.4 | 
| 4.9 | 3 | 1.4 | 
| 4.7 | 3.2 | 1.3 | 
| 4.6 | 3.1 | 1.5 | 
| 5 | 3.6 | 1.4 | 
| 5.4 | 3.9 | 1.7 |
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