我应该在Biopython中使用哪种字母类型的FASTA文件？

Question

如果我使用下面链接中的FASTA文件，我应该在Biopython中使用哪种Alphabet类型？它会是IUPAC.unambiguous_dna吗？

指向FASTA文件的链接：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/?C=S;O=A

Answer 1

您是否阅读过3.1 Sequences and Alphabets？它解释了可用的不同字母表，以及它们涵盖的案例。

你提供的链接中有很多序列（太多让我们无法通过）。我的建议是与UnambiguousDNA一起使用。如果四个基本核苷酸不够，解析器会抱怨，你应该选择更广泛的字母表。