主人在Rmpi程序中消耗100％的CPU

Question

我正在使用Rmpi（v.6.2-2）软件包来并行化我的R（v.2.15）代码。我有以下代码和平：

library(Rmpi)
source("slaveFunction04.r")
mpi.spawn.Rslaves(nslaves=2)
mpi.bcast.Robj2slave(slaveFunction04)
mpi.remote.exec(slaveFunction04())
mpi.close.Rslaves()
mpi.quit()

当从属服务器正在执行slaveFunction04时，我希望主进程处于空闲状态，消耗的资源非常少，就像你在使用带有C或Fortran的MPI时那样。但相反，主服务器正在消耗100％的CPU，就像从服务器一样（每个进程都在自己的核心中运行）。

知道为什么会这样，我该如何解决呢？

对于MPI，我在OpenSuse 12.3上使用OpenMPI v.1.6-3.1.2。

提前致谢。

Answer 1

这并不罕见，实际上几乎是我期望在C或Fortran中看到的以及主从分解。

MPI专为高性能并行计算而设计，通常如果任务被阻塞等待消息，那么没有比尽可能快地获取消息更重要的事情，因此实现“忙等待”，反复轮询以查看消息是否已到达，从而占用CPU。这会占用CPU时间，但根据假设，没有别的事可做，当消息 到达时，它会减少延迟的微秒。在大多数MPI实现中，该操作模式通常是默认操作;它在OpenMPI中被称为“激进”模式，并被描述为here。

对于许多问题来说，这是一个非常明智的默认行为，但并不总是你想要的，所以有办法将其关闭。如果这是您所看到的原因，您应该能够通过将环境变量OMPI_MCA_mpi_yield_when_idle设置为1（或非零）到get out of aggressive mode来减少主服务器上的CPU负载。