根据输入的数量自动构建ggplot调用

Question

我有tsv文件，所有文件都有一列和相同的行数。 我正在使用ggplot（stat_smooth）绘制它们，但我希望程序灵活，这意味着根据提供的文件数量添加更多stat_smooth函数调用。

输入的长度取自length(commandArgs(TRUE)) 我将数据存储在变量

中

cov=data.frame(sapply(1:length(commandArgs(TRUE)),
    function(i)read.csv(proteins[i],sep='\t',colClasses=c(NA,"NULL"))))

其中proteins<-commandArgs(TRUE)是文件，我使用其他代码添加colnames。

现在问题来自ggplot，我如何根据提供的参数数量来调用ggplot来进行smooth_line调用。

我正在尝试类似的东西，

m=ggplot(cov,aes(seq,cov[,2]))
p=function(i){return(stat_smooth(aes(color=colnames(cov)[i])))}
m+p(1)+.....

使用p将m添加到核心ggplot图启动器for loop，但这似乎没有意义。

应该有一种更有效的方法。想法是根据cov data.frame中的列来构建调用，这些列具有类似

的数据

seq    fileA fileB
1 8429.262  8606.623
2 8766.138  9066.361
3 9081.893  9456.915
4 9342.380  9784.373
5 9480.860 10067.121
6 9581.437 10312.253

有人可以提出建议吗？

Answer 1

事实上，将数据重新整形为长格式，每行一个值。

library(reshape2)
covM <- melt(cov, id.var = "seq")

返回以下数据框：

   seq variable     value
1    1    fileA  8429.262
2    2    fileA  8766.138
3    3    fileA  9081.893
4    4    fileA  9342.380
5    5    fileA  9480.860
6    6    fileA  9581.437
7    1    fileB  8606.623
8    2    fileB  9066.361
9    3    fileB  9456.915
10   4    fileB  9784.373
11   5    fileB 10067.121
12   6    fileB 10312.253

获得新对象后，可以很容易地绘制：

library(ggplot2)
ggplot(covM, aes(seq, value)) +
  stat_smooth(aes(color = variable))