Question

我正在使用fread中最近推出的data.table函数来读取数据文件。当我将代码包装到knitr（Rmd）文档中时，我注意到一些奇怪的输出，即：

## 
0%

即使verbose的{{1}}选项设置为FALSE。我已经使用fread来隐藏此输出，但我想向包作者报告确切的问题。这是一个最小的例子，

sink

什么是0％输出？

Answer 1

这是一个％进度计数器。对我来说，打印0％，5％，10％，... 95％，100％（例如），最后一个\r，使其显示在{{1}调用下方的一行上在提示符下键入时。

但是当从函数，批处理和编织器调用时，这是不可取的。这已被删除。来自NEWS for v1.8.9（rev 851）：

％进度控制台计量表已被删除。在批处理模式，日志文件和不处理fread的报告中，输出很不方便。要检测\r的位置太难了，而且，通过在C for循环中保存代码，删除它会加快fread的速度（这就是为什么它不是可选的）。使用操作系统的系统监视器确认fread正在进行中。感谢Baptiste强调：
     Strange output from fread when called from knitr

快速提醒完整性。从fread的顶部开始：

此功能仍在开发中 。例如，读取日期   作为角色（他们可以使用优秀的   快速包或标准基本功能）和嵌入式引号（“\”“   和“”“”）有问题。还有其他已知问题没有   已修复，功能尚未实施。但是，你可能会发现它   在许多情况下都有效。请向datatable-help或Stack报告问题   溢出的data.table标记。

尚未用于生产 。不是因为它在某种意义上是不稳定的   它崩溃或有缺陷（你的测试将显示它是否是   在你的情况下是否稳定）但是因为fread的论点和   行为很可能在未来发生变化;即，我们期望   （希望是次要的）非向后兼容的变化。为什么会这样   然后发布到CRAN？因为要求维护版本   CRAN维护人员遵守R-devel中新的更严格的测试，以及a   很少的Bioconductor包依赖于data.table和Bioconductor   要求包传递R-devel检查。离开的速度更快   畏惧并写下这些段落，而不是畏缩。

Answer 2

报告不是问题。

如Matthew Dowle所述，这是来自fread

的进度反击

您可以设置results = 'hide'以避免包含这些结果

library(knitr)

test = "```{r, results = 'hide'}
require(data.table) 
fread('1 2 3\n')
```"
knit2html(text=test, output="test.html")
browseURL("test.html")

看，没有进度条。

在实际层面上，我认为让results = 'hide'甚至include = FALSE为这样的步骤是明智的。

您不希望在步骤中重复此类读取，实际上，您只想一次读取数据，然后将序列化（使用save，saveRDS或类似），所以你可以在下次使用它（这会更快）。

根据评论

进行编辑

我会将处理分成几个较小的块。然后，您可以不在块中包含读取，但包括未评估的虚拟版本（因此您可以查看代码，但不包括结果）

```{r libraries}
require(data.table) 
 ```

```{r loaddata, include = FALSE}
DT <- fread('yourfile')
```

```{r loaddummy, ref.label = 'loaddata', eval = FALSE, echo = TRUE}
```

```{r dostuff}
# doing other stuff
```

Answer 3

showProgress中有一个名为fread的参数，如果将其设置为FALSE，则您将看不到进度输出。（它有助于降价。）

从knitr调用来自fread的奇怪输出

3 个答案: