Question

我的程序输出看起来像这样（tab delim）：

    $ ./mycode somefile 
    0000000000000000000000000000000000      238671
    0000000000000000000000000000000001      0
    0000000000000000000000000000000002      0
    0000000000000000000000000000000003      0
    0000000000000000000000000000000010      0
    0000000000000000000000000000000011      1548.81
    0000000000000000000000000000000012      0
    0000000000000000000000000000000013      937.306

我想要做的只是在FIRST列上：用A替换0，用C替换1，用G替换2，用T替换3 有没有办法可以直接从“mycode”音译输出。产生这个：

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA        238671
...
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACT        937.306

Answer 1

使用Perl：

C:\> ./mycode file | perl -lpe "($x,$y)=split; $x=~tr/0123/ACGT/; $_=qq{$x\t$y}"
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA      238671
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAC      0
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG      0
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT      0
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACA      0
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACC      1548.81
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACG      0
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACT      937.306

您可以在Bash中使用单引号：

  
$ ./mycode file | perl -lpe '($x,$y)=split; $x=~tr/0123/ACGT/; $_="$x\t$y"'

正如@ysth在评论中指出的那样，perl实际上提供了命令行选项-a和-F：

 -a                autosplit mode with -n or -p (splits $_ into @F)
 ...
 -F/pattern/       split() pattern for -a switch (//'s are optional)

使用那些：

perl -lawnF'\t' -e '$,="\t"; $F[0] =~ y/0123/ACGT/; print @F'

Answer 2

应该可以用sed来做，把它放在一个文件中（你可以用命令行来做，用-e，不要忘记那些分号，或者每行使用单独的-e）。（编辑：请记住，由于您的数据是制表符分隔的，它实际上应该是一个制表符，而不是空格，在第一个s //中，确保您的编辑器不会将其转换为进入空间）

#!/usr/bin/sed -f

h
s/ .*$//
y/0123/ACGT/
G
s/\n[0-3]*//

并使用

./mycode somefile | sed -f sedfile

或chmod 755 sedfile并执行

./mycode somefile | sedfile

执行的步骤是：

复制缓冲区以保留空间（替换上一行中保留的内容，如果有的话）
删除尾随内容（从第一个空格到行尾）
音译
追加持有空间内容
删除换行符（来自追加步骤）及其后面的所有数字（直到空格）

至少为我的数据工作过。

修改的：
啊，你想要一个单行......

GNU sed

sed -e "h;s/ .*$//;y/0123/ACGT/;G;s/\n[0-3]*//"

或老派sed（没有分号）

sed -e h -e "s/ .*$//" -e "y/0123/ACGT/" -e G -e "s/\n[0-3]*//"

Answer 3

@sarathi

\ AWK解决方案

awk '{gsub("0","A",$1);gsub("1","C",$1);gsub("2","G",$1);gsub("3","T",$1); print $1"\t"$2}' temp.txt

如何将Unix的/ Sed / Perl的音译（tr）仅应用于特定列？

3 个答案: