答案 0 :(得分：9)
您认为R是一种功能性而非多范式的语言吗？
如果是这样，R拥有最大的生物信息学库。 CRAN中有许多模块，但BioConductor是您正在寻找的。它作为一个活跃的社区，大多数图书馆都已在同行评审期刊上发表。
注意：我认为除了perl，python以及C / C ++和Java方面的一些小小的努力之外，没有其他编程语言可以拥有良好的生物信息库。
答案 1 :(得分：5)
我已经开始了第一个严肃的BioScala项目，其中包括./doc中的教程和设计理念。此外，我在blog.thebird.nl上解释使用Scala进行生物信息学。 BioScala是一项正在进行中的工作。正如你可以使用Scala的BioJava和BioRuby - 很快就可以使用BioLib - 你可以立即投入使用。
答案 2 :(得分：3)
最佳维护，通用，特定于语言的生物信息学库由Open Bioinformatics Foundation支持：BioPerl，Biopython，BioJava，BioRuby和BioLib（C ++）。这些库非常方便，即使您不喜欢其他语言，也可以更容易地用其中一种语言编写脚本。
正如Andrew指出的那样，您可以使用BioJava和基于JVM的函数语言，如Scala或Clojure。
BioLib比其他人更新，但它适用于SWIG，因此任何其他语言都可以链接它。 Haskell具有良好的FFI，因此您可以尝试将它与Biolib NCBI工具包库一起使用 - 这些可能比BioHaskell更好。
答案 3 :(得分：3)
相反，在Haskell中编写程序非常方便，自己提供任何缺失的功能通常比尝试理解其他人的模糊命令代码更容易。
虽然Eric对我的维护技能有疑问（嘿，接受补丁，你知道），我认为Haskell是一个很好的生物信息学平台，让用户编写简洁和高效的代码。适合我！
答案 4 :(得分：2)
答案 5 :(得分：0)
与BioRuby一起，对于不在biogem核心的软件包，您有bioruby，因此您有更多的软件包。