python错误地跳过列表中最后一个文件的最后一行

时间:2013-03-04 20:42:08

标签: python

我在Python v3.3中编写了一个程序,它依次打开一个文件列表,并使用每个文件中的数据执行操作。但是,出于某种原因,程序在打开文件时始终忽略列表中最后一个文件的最后一行。所有以前的文件都正常读取。文件本身具有相同的格式,并且列表中的最后一个文件中没有其他空格或换行符,这些字符在所有其他文件中都不存在。

代码如下:

counter3=0
for counter3 in range(counter3,numSteps):
# open up each step in the list of steps across the chromosomal segment:
    L=shlex.shlex(stepFileIndex[counter3],posix=True)
    L.whitespace += '\t'
    L.whitespace_split = True
    L=list(L)
    #print(L)
    stepNumber = int(L[0])
    stepStart = int(L[1])
    stepStop = int(L[2])
    stepSize = int(stepStop-(stepStart-1))
#Now open the file of SNPs corresponding with the window in question and convert it into a list:
    currentStepFile = open(("C:/Users/gwilymh/Desktop/Python/Sliding Window Analyses-2/%s_%s_step_%s.txt")%(str(segmentNumber),str(segmentName),str(counter3+1)),'r')
    currentStepFile = list(currentStepFile)
    nSNPsInCurrentStepFile = len(currentStepFile)
    print("number of SNPs in this step is:", nSNPsInCurrentStepFile)
    print(currentStepFile)

列表中的最后两个文件如下:

1_segment1_step_7.txt
['1503', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'C']
['1505', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'T', 'G']

1_segment1_step_8.txt
['1950', 'G', 'G', 'G', 'C', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G', 'G']
['1967', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'A', 'G']

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

脚本运行时是否正在写入文件?

除了悬挂文件句柄和可能已通过f.close()f.flush()清空的缓冲区外,我没有看到代码中有任何错误。

但是,您可以通过不使用list(filehandle)来改进代码,而是将其替换为for循环。正如你可能在评论中注意到的那样,这不是一种常见的做法。

另外,因为您替换了指向文件句柄currentStepFile的变量,您的代码必须等待垃圾收集才能关闭它。

如果您也在代码中的其他地方执行此操作,则可能是将来导致此问题或其他问题的原因。