Question

我的PHP代码包含很多foreach循环，结果绝对是灾难性的。这需要太长时间才能运行。

有替代方案吗？我对所有建议持开放态度。

我在想可能正在实现基于闪存的客户端并使用actionscript来利用客户端的CPU来运行逻辑。

或者有没有办法使用C / C ++来处理服务器本身的计算要求较高的部分并返回PHP结果。

以下函数被调用1,000,000次。

public function performEnrichmentAnalysis($geneSet) {
    /**
     * $mainArray is a multi dimentional array.
     * EntrezID | Set (0/1) | pValue | rank
     */
    $mainArray = array();
    $finalArray = array();
    $originalGenesScore = 0;
    $randomGenesScore = 0;
    $u = 0;
    $EntrezID = array();
    $Set = array();
    $pValue = array();
    $Rank = array();
    $originalGenes = $geneSet->getGenes();
    $memeberCount = $geneSet->getGeneCount();
    $randomGenes = $this->geneExpressionData->getRandomGenes($memeberCount);
    /**
     * Copy the elements of original and random gene sets to main array.
     */
    foreach ($originalGenes as $key => $value) {
        $pVal = $this->geneExpressionData->getExpressionValue($value);
        $array = array('EntrezID' => $value, 'Set' => 0, 'pValue' => $pVal, 'Rank' => 999);
        array_push($mainArray, $array);
        unset($array);
    }
    foreach ($randomGenes as $key => $value) {
        $pVal = $this->geneExpressionData->getExpressionValue($value);
        $array = array('EntrezID' => $value, 'Set' => 1, 'pValue' => $pVal, 'Rank' => 999);
        array_push($mainArray, $array);
        unset($array);
    }
    /**
     * sort the multi dimentaional array based on p-values
     */
    foreach ($mainArray as $key => $row) {
        $EntrezID[$key] = $row['EntrezID'];
        $Set[$key] = $row['Set'];
        $pValue[$key] = $row['pValue'];
        $Rank[$key] = $row['Rank'];
    }
    array_multisort($pValue, SORT_ASC, $mainArray);

    /**
     * Assign ranks to the genes
     */
    for ($index = 0; $index < count($mainArray); $index++) {
        $row = $mainArray[$index];
        $row['Rank'] = $index + 1;
        $row['Score'] = 0;
        //print_r($row['Rank']);
        array_push($finalArray, $row);
    }

    /**
     * Calculate scores for each gene
     */
    for ($i = 0; $i < count($finalArray); $i++) {
        for ($j = $i + 1; $j < count($finalArray); $j++) {
            if ($finalArray[$j]['Set'] != $finalArray[$i]['Set']) {
                $finalArray[$i]['Score']++;
            }
        }
    }

    /**
     * Calculate score for the entire set and get universal U and z score.
     */
    for ($counter = 0; $counter < count($finalArray); $counter++) {
        if ($finalArray[$counter]['Set'] == 0) {
            $originalGenesScore += $finalArray[$counter]['Score'];
        }
        if ($finalArray[$counter]['Set'] == 1) {
            $randomGenesScore += $finalArray[$counter]['Score'];
        }
    }

    if ($originalGenesScore > $randomGenesScore) {
        $u = $randomGenesScore;
    } else {
        $u = $originalGenesScore;
    }

    $zNumerator = $u - (($memeberCount * $memeberCount) / (2));
    $zDenominatorSquared = ($memeberCount * $memeberCount * ($memeberCount + $memeberCount + 1)) / 12;

    $z = $zNumerator / sqrt($zDenominatorSquared);

    if (abs($z) > 2.303) {
        $this->temp001++;
    } elseif (abs($z) > 1.605) {
        $this->temp005++;
    } else {
        $this->tempRemaining++;
    }
}

Answer 1

嗯，这不是一件容易回答的事情。是的，假设你了解C ++，代码可以用C ++重写。我没有看到任何重大障碍。

您必须想出一种方法来将原始geneSet添加到C ++代码中，然后构建一个结构来代表您的$mainArray和其他代码。对阵列使用std::vector。

由于此代码本身并不实际生成任何webcontent，因此您可以很容易地通过调用服务器上安装的C ++程序来替换该函数。我建议您实际实现在C ++中实现CALLS此功能的功能，因为如果这被称为1M次，那么您最好用C ++进行1M调用，而不是100次调用一段C ++代码。

优化使用大量for循环的PHP代码

1 个答案: