bash：for循环，两个变量链接

Question

我有以下问题;包含以下内容的两个目录：

• dir1：以下文件列表：

file1.fq file2.fq file3.fq

依旧......

• dir2：以下文件：

file1.fq.sa file2.fq.sa file3.fq.sa

我要做的是运行一起使用file1.fq和file1.fq.sa的命令。

我尝试过以下循环：

fq=dir1/*
sa=dir2/*

for fqfiles in $fq;

do

for sa_files in $sa;

do

mycommand ${sa_files} ${fqfiles} > ${sa_files}.cc &

done

done

问题是我的循环执行以下操作：

mycommand file1.fq.sa file1.fq > file1.fq.sa.cc  #correct

但也

mycommand file1.fq.sa file2.fq > file1.fq.sa.cc  #wrong!

依旧......几乎无限循环！

我希望我的循环可以产生类似的东西：

mycommand file1.fq.sa file1.fq > file1.fq.sa.cc
mycommand file2.fq.sa file2.fq > file2.fq.sa.cc
mycommand file3.fq.sa file3.fq > file3.fq.sa.cc

等...

你能帮我吗？

谢谢！

的Fabio

Answer 1

您可以循环dir1，对文件使用basename，然后使用dir2作为前缀，并附加您需要的扩展名。您可能还希望检查第二个目录中的文件，并仅在两个文件都可用时运行命令

for f in dir1/*.fq; do
    b=$(basename "$f")
    f2=dir2/"$b".sa
    if test -f "$f2"; then
        mycommand "$f2" "$f" >"$b".sa.cc
    fi
done

如果您不想要目录部分，请改用

mycommand "$b".sa "$b" >"$b".sa.cc