Question

我有一个复杂的长功能，我正在用它做模拟。它可能会产生错误，主要是与随机向量结束时具有零差异的相等值，导致进入PCA或逻辑回归。

我正在使用doMC和plyr在群集上执行它。我不想tryCatch函数内部的每一个小东西，因为错误的可能性很多，而且每个函数的概率都很小。

我如何尝试捕获每次运行，而不是tryCatch每一个小行？代码是这样的：

iteration = function(){
    a really long simulation function where errors can happen
    }
reps = 10000
results = llply(1:reps, function(idx){out<-iteration()},.parallel=TRUE)

大约一年后编辑： 与foreach

相比，plyr包使这一切变得更加容易

library(foreach)
output <- foreach(i=1:reps, .errorhandling = 'remove')%dopar%{
  function
}

Answer 1

你可以在你传递给llply的函数中包装try catch循环吗？

results = llply(1:reps, function(idx){
    out = NA
    try({ 
        out<-iteration()
    }, silent=T)
    out
},.parallel=TRUE)

Answer 2

您可以将tryCatch放在函数迭代中，例如：

iteration <- function(idx){
  tryCatch(
    { idx <- idx+1
      ## very long treatments here...
      ## I add a dummy error here to test my tryCatch
      if(idx %% 2000 ==0) stop("too many iterations")
    },error = function(e) print(paste('error',idx)))
}

现在在llply内进行测试，

library(plyr)
reps = 10000
results = llply(1:reps, iteration,.parallel=TRUE)
1] "error 2000"
[1] "error 4000"
[1] "error 6000"
[1] "error 8000"
[1] "error 10000"

具有复杂功能的tryCatch和R中的plyr

2 个答案: