对不起,如果这个问题很愚蠢。我使用python subprocess
语句在Ubuntu(Natty 11.04)中调用.bat文件,但是,我收到了错误消息:
Traceback (most recent call last):
File "pfam_picloud.py", line 40, in <module>
a=subprocess.Popen(src2, shell=0)
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 672, in __init__
errread, errwrite)
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1213, in _execute_child
raise child_exception
$python pfam_picloud.py
#!/usr/bin/python
#
met="wTest.dvf"
run="run_pfam.bat"
inp="pfam_input.PFA"
import os
import stat
import shutil
import subprocess
import string
import random
# Generate a random ID for file save
def id_generator(size=6, chars=string.ascii_uppercase + string.digits):
return ''.join(random.choice(chars) for x in range(size))
name_temp=id_generator()
cwd=os.getcwd()
src=cwd
src1=cwd+'/'+name_temp
if not os.path.exists(src1):
os.makedirs(src1)
else:
shutil.rmtree(src1)
os.makedirs(src1)
##
shutil.copy(src+"/"+run,src1)
shutil.copy(src+"/"+met,src1)
shutil.copy(cwd+"/pfam_pi.exe",src1)
shutil.copy(src+"/"+inp,src1)
#
src2=src1+"/run_pfam.bat"
os.chdir(src1)
a=subprocess.Popen(src2, shell=0)
a.wait()
#!/bin/sh
./pfam_pi.exe pfam_input.PFA
我可以在Ubuntu中成功运行这个bash文件。所以我想,我在Python脚本中弄乱了一些东西。有人能给我一些建议吗?感谢您提供任何意见。
文件pfam_pi.exe
是Linux可执行文件。我在Ubuntu中编译它。对不起,感到困惑。
嗯,我现在得到了不同类型的错误。
1.使用#!/bin/sh
,它说No such file or directory
。
2.使用/bin/sh
,它说exec format error
。
3.如果我将所有内容作为参数a=subprocess.Popen(['./pfam_pi.exe', 'inp', 'src1'], shell=0)
发送,则表示end of line symbol error
答案 0 :(得分:1)
由于对mark a comment as an answer的功能请求仍然被拒绝,我在此处复制上述解决方案。
@Ellioh:感谢您的评论。我发现一旦我改变了shell = 1,问题就解决了。 - tao.hong
答案 1 :(得分:0)
尝试运行wine
(您应该安装它)并将pfam_pi.exe
作为参数传递给它。也许pfam_pi.exe
不是Linux可执行文件。 :-)当然,可执行文件扩展在Linux上没有意义,但可能它确实是一个Windows程序,否则我几乎无法想象它命名为pfam_pi.exe
。
但是,如果它是Linux可执行文件,请注意subprocess.Popen
接受args列表(第一个元素是程序本身),而不是命令行:
>>> import shlex, subprocess
>>> command_line = raw_input()
/bin/vikings -input eggs.txt -output "spam spam.txt" -cmd "echo '$MONEY'"
>>> args = shlex.split(command_line)
>>> print args
['/bin/vikings', '-input', 'eggs.txt', '-output', 'spam spam.txt', '-cmd', "echo '$MONEY'"]
>>> p = subprocess.Popen(args) # Success!