添加误差线以显示R中绘图的标准偏差

Question

对于每个X - 值，我计算了每个Y值的平均Y - 值和标准差（sd）

x  = 1:5
y  = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2)
sd = c(0.1, 0.3, 0.2, 0.2, 0.4)

plot (x, y)

如何使用标准偏差将误差条添加到我的绘图的每个数据点？

Answer 1

ggplot2的解决方案：

qplot(x,y)+geom_errorbar(aes(x=x, ymin=y-sd, ymax=y+sd), width=0.25)

Answer 2

除了@ csgillespie的回答之外，segments也被矢量化以帮助解决这类问题：

plot (x, y, ylim=c(0,6))
segments(x,y-sd,x,y+sd)
epsilon <- 0.02
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd)
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd)

Answer 3

您可以使用arrows：

arrows(x,y-sd,x,y+sd, code=3, length=0.02, angle = 90)

Answer 4

您可以使用segments在基本图形中添加条形图。这里epsilon控制线的顶部和底部的线。

plot (x, y, ylim=c(0, 6))
epsilon = 0.02
for(i in 1:5) {
    up = y[i] + sd[i]
    low = y[i] - sd[i]
    segments(x[i],low , x[i], up)
    segments(x[i]-epsilon, up , x[i]+epsilon, up)
    segments(x[i]-epsilon, low , x[i]+epsilon, low)
}

正如@thelatemail指出的那样，我应该使用向量化函数调用：

segments(x, y-sd,x, y+sd)
epsilon = 0.02
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd)
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd)

Answer 5

当您具有对数X轴时，会出现csgillespie解决方案的问题。你将在右侧和左侧有一个不同长度的小条（epsilon跟随x值）。

您最好使用errbar包中的Hmisc功能：

d = data.frame(
  x  = c(1:5)
  , y  = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2)
  , sd = c(0.2, 0.3, 0.2, 0.0, 0.4)
)

##install.packages("Hmisc", dependencies=T)
library("Hmisc")

# add error bars (without adjusting yrange)
plot(d$x, d$y, type="n")
with (
  data = d
  , expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=T, pch=1, cap=.1)
)

# new plot (adjusts Yrange automatically)
with (
  data = d
  , expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=F, pch=1, cap=.015, log="x")
)