Question

我在Windows上使用parallel或snow个软件包，makeCluster函数可以使用rscript参数来指定Rscript所在的位置对工人执行。如果我希望执行--vanilla选项的原因怎么办？

编辑：正在运行makeCluster(2, rscript='pathToMyRScript --vanilla')无法使用我的方框

Answer 1

我认为您最好的选择是将此作为功能请求提交给包作者，或者深入了解函数定义并定义您自己的调用以尝试使用名为--vanilla的Rscript生成PSOCK节点。请参阅parallel:::newPSOCKnode并查看它如何定义对Rscript的调用。兴趣点是：

rscript <- if (getClusterOption("homogeneous", options)) {
    shQuote(getClusterOption("rscript", options))
}
else "Rscript"
cmd <- paste(rscript, "-e", shQuote(arg), env)

如果您可以修改函数来调用Rscript --vanilla，它可能会正常工作。我很惊讶写rscript=<rscript_path> --vanilla不起作用。

Answer 2

从R手册页上的An Introduction to R开始，B.4节：

If you just want to run a file foo.R of R commands, the recommended way is to use R CMD BATCH foo.R. If you want to run this in the background or as a batch job use OS-specific facilities to do so: for example in most shells on Unix-alike OSes R CMD BATCH foo.R & runs a background job.

因此，在您的情况下，所有命令都必须进入脚本，然后您需要

R --vanilla CMD BATCH your_script.R

从命令行，而不是GUI。

Answer 3

我不相信这些软件包提供简单直接的方法。我将创建一个包装器并使用“rscript”选项指定该包装器的完整路径。理论上这很容易，但实际上在编写包装器时必须要小心，以避免由于在包含空格的情况下重新解析参数而导致的错误。例如，我怀疑以下BAT脚本会出现问题：

"C:\Program Files\R\R-2.15.2\bin\Rscript" --vanilla %*

我可能会使用子脚本模块的Python脚本，但有很多可供选择的方式，你可能有自己喜欢的。

<强>更新

自R版本3.1.2起，rscript_args选项已添加到makeCluster功能中。您可以使用此选项指定--vanilla选项：

makeCluster(2, rscript_args="--vanilla")

如何在并行或雪中指定makeCluster中的选项

3 个答案: