Question

所以我正在尝试创建一个使用我编写的.c文件的Cython模块。该.c文件需要一个特殊的链接选项（要编译它，我需要gcc -o mycode mycode.c -lfftw3f）。我可能只是在Cython中重写我的.c文件，但我想知道如何做到这一点。

我正在使用fftw3，并且在编译时，如果你想使用浮点版本，你需要在.c文件中使用-lfftw3f选项IN ADDITION #include <fftw3.h>。

我的setup.py如下所示：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

sourcefiles = ['mycode_caller.pyx', 'mycode.c']

ext_modules = [Extension("myext", sourcefiles, libraries=['fttw3f'])]

setup(
  name = 'My Extension',
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
  ext_modules = ext_modules
)

我创建了一个名为mycode.h的头文件，如下所示，并包含transform()函数的原型，该函数在mycode.c中定义：

#include <fftw3.h>
#include <math.h>

#ifndef FOURIER_H_INCLUDED
#define FOURIER_H_INCLUDED
fftwf_complex** transform(float** in, int length);
#endif

我的Cython文件mycode_caller.pyx看起来像这样：

import numpy as np
cimport numpy as np

cdef extern from "stdlib.h":
    void free(void* ptr)
    void* malloc(size_t size)

cdef extern from "fftw3.h":
    struct fftwf_complex:
        pass

cdef extern from "fourier.h":
    fftwf_complex** transform(float** in_arr, int length)

cdef float** npy2c_float2d(np.ndarray[float, ndim=2] a):
    cdef float** a_c = <float**>malloc(a.shape[0] * sizeof(float*))
    for k in range(a.shape[0]):
        a_c[k] = &a[k, 0]
    return a_c

cpdef test_transform(data):
    nparr = np.zeros([14, 31])
    c_array = npy2c_float2d(nparr)
    ans = transform(c_array, 31)

当我运行python setup.py build_ext --inplace时，它构建正常，但如果我尝试导入它，它将声明以下内容：

ImportError: ./myext.so: undefined symbol: fftwf_execute

由于在编译期间未将-lfftw3f选项传递给gcc而发生此错误。我该如何解决这个问题？没有办法在.c源文件中指定链接器命令吗？我是否需要告诉Cython.Distutils以某种方式使用此选项？谢谢你的帮助！

编辑：所以，我将libraries=[fttw3f]添加到我的setup.py文件中，现在它在构建时抛出错误：

gcc -pthread -shared -Wl,-O1 -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro build/temp.linux-x86_64-2.7/emodsp.o build/temp.linux-x86_64-2.7/fourier.o -lfftw3f -o /home/carson/Documents/Caltech/Senior/Winter/art89/Project/openepoc/emodsp.so
/usr/bin/ld: /usr/local/lib/libfftw3f.a(alloc.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.1' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/usr/local/lib/libfftw3f.a: could not read symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status
error: command 'gcc' failed with exit status 1

Answer 1

只需使用libraries选项Extension：

Extension("myext", sourcefiles, libraries = ['fftw3f'], library_dirs = ['/path/to/fftw/libs'])

如何将自定义C（它本身需要特殊的链接选项进行编译）与Cython链接？

1 个答案: