使用Emacs / ESS用R构建统计分析

Question

我正在寻找一种方法来构建我的统计分析。我目前使用的是Emacs / ESS，分析文件很长。我已经开始将部分代码放入一个单独的文件中的可源函数中，但仍然......

我想在文件中引入一些子标题/节标题（聚合，聚类分析，模拟，...）并在其下面编写代码，这样我就可以快速跳转到我想要的部分从事于。

我想我可以使用评论并搜索它们，但我无法获得概述或索引。我还考虑过使用Org-Mode作为头条新闻，但对于与其他编辑合作的合作者来说，这不会很方便。

我知道R-Studio通过各个部分实现了这一点，因此会有针对emacs的解决方案，对吧？

非常感谢！

PS：像imenu这样的东西会起作用，但这只适用于功能，而不适用于部分

Answer 1

一般情况下，我使用org-mode和org-babel，但是当我必须与其他人共享脚本时，我在.emacs中有以下内容：

(defgroup ess-jb-faces nil
  "Faces used by cutomized ess-mode"
  :group 'faces)

(defface ess-jb-comment-face
  '((t (:background "cornsilk" 
    :foreground "DimGrey"
    :inherit font-lock-comment-face)))
  "Face used to highlight comments."
  :group 'ess-jb-faces)

(defface ess-jb-comment-bold-face
  '((t (:weight bold
    :inherit ess-jb-comment-face)))
  "Face used to highlight bold in comments."
  :group 'ess-jb-faces)

(defface ess-jb-h1-face
  '((t (:height 1.6 
    :weight bold 
    :foreground "MediumBlue"
    :inherit ess-jb-comment-face)))
  "Face used to highlight h1 headers."
  :group 'ess-jb-faces)

(defface ess-jb-h2-face
  '((t (:height 1.2 
    :weight bold 
    :foreground "DarkViolet"
    :inherit ess-jb-comment-face)))
  "Face used to highlight h2 headers."
  :group 'ess-jb-faces)

(defface ess-jb-h3-face
  '((t (:height 1.0 
    :weight bold 
    :foreground "DarkViolet"
    :inherit ess-jb-comment-face)))
  "Face used to highlight h3 headers."
  :group 'ess-jb-faces)

(defface ess-jb-hide-face
  '((t (:foreground "white"
    :background "white"
    :inherit ess-jb-comment-face)))
  "Face used to hide characters."
  :group 'ess-jb-faces)

(font-lock-add-keywords 'ess-mode
   '(("^###\\(#\\)\\([^#].*\\)$" (1 'ess-jb-hide-face t)(2 'ess-jb-h1-face t))
     ("^###\\(##\\)\\([^#].*\\)$" (1 'ess-jb-hide-face t)(2 'ess-jb-h2-face t))
     ("^###\\(###\\)\\([^#].*\\)$" (1 'ess-jb-hide-face t)(2 'ess-jb-h3-face t))
     ("^###\\( .*\\|$\\)" 1 'ess-jb-comment-face t)
     ("^###" "\\*.*?\\*" nil nil (0 'ess-jb-comment-bold-face append))
     ))

这样，在行开头####的任何评论都被格式化为“标题1”。对#####的任何评论都被格式化为“标题2”等。以###开头的行被视为带有特殊字体锁定的注释（用于长注释）。

这可以是这样的：

这非常hacky，但优点是它只使用标准R注释，因此可以与其他人共享而没有问题。一般情况下，我使用以下内容作为“标题1”：其他人在下面看到它，而我喜欢我定义的字体锁：

############################################
#### HEADER 1
############################################

使用此语法，您还可以使用以下内容在之前定义的部分上激活outline-minor-mode，并能够折叠/展开它们：

(add-hook 'ess-mode-hook
      '(lambda ()
         (auto-complete-mode nil)
         (outline-minor-mode 1)
         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,6\\}\\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{\\)")
         (setq outline-heading-alist
           '(("####" . 1) ("#####" . 2) ("######" . 3)
             ("^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{" .4)))))

所有这些代码都没有经过很好的测试，而且我远不是emacs lisp的专家，所以应该有更好的方法来做到这一点，并且在出现错误时不要感到惊讶！

Answer 2

最近（2013年2月）对Orgmode的补充意味着您现在应该能够在源代码中嵌入org标题，然后使用orgstruct-mode导航它们。因此，通过git升级您的组织模式，然后尝试打开以下示例R文件。如果您在嵌入了组织标题的注释行中，只需点击TAB或shift-TAB，您就应该获得组织模式标题。

### * Create data
data = list( s1=list(x=1:3, y=3:1), 
     s2=list(x=1:5, y=1:5), s3=list(x=1:4, y=rep(3,4)))

### * Base graphics version


par(mfrow=c(2,2))
lapply(data, plot)

### * Lattice version

nplots <- length(data)
pts.per.plot <- sapply(data, function(l) length(l$x))
df <- data.frame(which=rep(1:nplots, times=pts.per.plot),
                 x=unlist(sapply(data, function(l) l$x)),
                 y=unlist(sapply(data, function(l) l$y)))

xyplot(y~x|which, data=df, layout=c(2,2))

### ** Make the pdf
pdf(file='o.pdf')
xyplot(y~x|which, data=df, layout=c(2,1))                 
dev.off()

### * End of file

### Local Variables:
### eval: (orgstruct-mode 1)
### orgstruct-heading-prefix-regexp: "### "
### End:

Answer 3

听起来你有一个很大的分析脚本。那不是很理想......

考虑使用RMarkdown或Sweave重做它，并使用knitr来运行它。然后，您可以使用emacs的工具来导航markdown或TeX，您可以使用knitr中的缓存系统，以便在您接近结束时更改某些内容时从一开始就不必进行分析。

如果需要，您还可以从分析中获得格式化的报告。

另外，将内容分解为单独的文件以获取源代码有点次优 - 远远好于编写函数并将它们放入包中 - 并且使用devtools包来使其工作非常简单。只需编辑您的.R文件并load_all更新它（没有复杂的包构建过去的时间）。

大赢家。

Answer 4

polymode提供R +降价，R + brew，R + cpp等内容。它仍处于开发的早期阶段，似乎只能在最近的emacs（24.3）上可靠地工作。

Answer 5

与上面提到的orgstruct-mode类似，您也可以使用与outline-minor-mode一起使用的新outshine package来将带有星号的注释解释为类似org-mode的标题。它们可以使用像TAB等简单的快捷方式折叠/扩展/添加/等。

Answer 6

多年来我一直很满意的另一个选择是allout-mode。使用每个文件的局部变量：

## Local variables:
## allout-layout: (-1 : 0)
## End: