如何操作R varImpPlot中的y轴文本标签？

Question

以下示例类似于我的数据集：

require(randomForest)

alpha = c(1,2,3,4,5,6)
bravo = c(2,3,4,5,6,7)
charlie = c(2,6,5,3,5,6)
mydata = data.frame(alpha,bravo,charlie)

myrf = randomForest(alpha~bravo+charlie, data = mydata, importance = TRUE)

varImpPlot(myrf, type = 2)

我似乎无法控制varImpPlot中y轴标签的位置。我尝试改变绘图参数（例如mar，oma），但没有成功。我需要将y轴标签向左移动，以生成具有适当标签放置的PDF。

如何将y轴标签向左移动？

Answer 1

我尝试使用adj参数，但它会产生错误。作为varImpPlot，后面使用dotchart，这里是使用格dotplot的版本。然后，您可以使用scales参数自定义您的斧头。

imp <- importance(myref, class = NULL, scale = TRUE, type = 2)
dotplot(imp, scales=list(y =list(cex=2,
                                       at = c(1,2),
                                       col='red',
                                       rot =20,
                                       axs='i') ,
                               x =list(cex=2,col='blue')) )

Answer 2

您可以从myref中提取构建绘图所需的数据，并使用ggplot构建绘图。通过这样做，你可以更自由地调整情节。以下是一些例子

library(ggplot2)

str(myrf)
str(myrf$importance)
data <- as.data.frame(cbind(rownames(myrf$importance),round(myrf$importance[,"IncNodePurity"],1)))
colnames(data) <- c("Parameters","IncNodePurity")
data$IncNodePurity <- as.numeric(as.character(data$IncNodePurity))

标准情节：

(p <- ggplot(data) + geom_point(aes(IncNodePurity,Parameters))) 

旋转y轴标签：

(p1 <- p+ theme(axis.text.y = element_text(angle = 90, hjust = 1)))

进一步调整（这里也是第一张图）：

(p2 <- p1 +  scale_x_continuous(limits=c(3,7),breaks=3:7) + theme(axis.title.y = element_blank())) 

看起来像varImpPlot的图（此处显示的第二个图）：

(p3 <- p2+ theme(panel.grid.major.x = element_blank(),
panel.grid.minor.x = element_blank(),
panel.grid.minor.y = element_blank(),
panel.grid.major.y = element_line(colour = 'gray', linetype = 'dashed'),
panel.background = element_rect(fill='white', colour='black')))

使用ggplot：

可以轻松保存为pdf

ggsave("randomforestplot.pdf",p2) 

或

ggsave("randomforestplot.png",p2)

p2

p3

Answer 3

我是否理解正确，您希望在情节边界左侧更多地显示文字charlie和bravo？如果是这样，根据对绘图中使用的rownames的修改，这里有一个hack来存档：

myrf = randomForest(alpha~bravo+charlie, data = mydata, importance = TRUE)
#add white spaces at the end of the rownames
rownames(myrf$importance)<-paste(rownames(myrf$importance), "   ") 
varImpPlot(myrf, type = 2)

dotchart中的adj参数固定为0（右对齐），因此如果不修改dotchart的代码，则无法更改：

mtext(labs, side = 2, line = loffset, at = y, **adj = 0**, col = color, 
    las = 2, cex = cex, ...)

（来自dotchart）

修改： 你也可以制作另一种类型的黑客。取dotchart的代码，将上面的行更改为

 mtext(labs, side = 2, line = loffset, at = y, adj = adjust_ylab, col = color, 
        las = 2, cex = cex, ...)

然后将参数adjust_ylab添加到参数列表中，并将该函数重命名为例如dotchartHack。现在复制varImpPlot的代码，找到调用dotchart的行，将函数名更改为dotchartHack并将参数adjust_ylab=adjust_ylab添加到函数调用中，将函数重命名为{ {1}}并将varImpPlotHack添加到此函数参数列表中。现在，您可以通过更改参数adjust_ylab来更改charlie和bravo的对齐方式：

adjust_ylab

来自 myrf = randomForest(alpha~bravo+charlie, data = mydata, importance = TRUE) varImpPlotHack(myrf, type = 2,adjust_ylab=0.5) ：

  

adj的值决定了文本字符串的方式   在文本，文本和标题中证明是正当的。值为0会产生   左对齐文本，0.5（默认）居中文本和   右对齐文本。 （允许[0,1]中的任何值，并且最多   在该间隔之外的设备值也将起作用。）