Question

我在HDF5 Example code发现了一个类似的问题但是我无法正确查看hdf5数据集内容。

我正在查看的数据集包含第一列中带字符串的字符串标题，其他字符串加倍。

以下是我的代码：

public static void readh5(string path, string filename)
{
    H5.Open();
    var fileID = H5F.open(path + filename, H5F.OpenMode.ACC_RDONLY);

    var groupID = H5G.open(fileID, "/Example Group/");
    var datasetID = H5D.open(groupID, "Events");
    var dataSpace = H5D.getSpace(datasetID);
    var size = H5S.getSimpleExtentDims(dataSpace);
    var dataType = H5D.getType(datasetID);

    double[,] dataArray = new double[size[0],11];
    var wrapArray = new H5Array<double>(dataArray);
    H5D.read(datasetID, dataType, wrapArray);
    Console.WriteLine(wrapArray);
}

当我调试并查看wrapArray时，每个元素的值都是10 ^ 300到10 ^ -300的非常大或小的双倍，我不知道为什么。我不认为这些是元素的ID号。我已经尝试将wrapArray和dataArray的数据类型更改为object，但仍然没有提供数据集的确切内容。

我为wrapArray获得的输出如下：

[0,0] 4.0633928641260729E+87  
[0,1] 9.77854726248995E-320  
[0,2] 1.52021104712121E-312

等。

但我想要的是：

[0,0] Event1  
[0,1] 2  
[0,2] 56

等。

在读入数据集后，我想遍历第一列以查找特定字符串，并获取其他列中的相应元素。但我必须弄清楚这一点。

Answer 1

对我而言，它只需检查DataSet的实际数据类型（使用HDFView），然后使包含该数据类型的数组而不是双精度数。

Answer 2

约翰，如果数据集的一列填充了字符串值，而第二列填充了双值，则数据集由“COMPOUND”类型组成。事情有点复杂然后（从我今天所知道的......我是HDF5的新手），不可能简单地将值加载到2D数组。相反，你必须：

//1) Define byte array in memory. We know that it is one string and two doubles. 
//Check that string in dataset is really 256 chars long.
 int rows = size[0]; //this should be number of rows in dataset. 
 int oneRowDataSize = 256+8+8; //string+double+double 
 byte[] data_to_read = new byte[oneRowDataSize * rows];

// 2) Read data to our byte array
 H5D.read(datasetID, dataType, new H5Array<byte>(data_to_read));

 // 3) Decompose our byte array to rows and individual values
 for (int m = 0; m < rows; m++)
  {

 //4) offset of the row in the byte array
      int pos = m*oneRowDataSize;

 //5) compute individual offsets
      int posString = pos;
      int posDouble1 = pos + 256; //change the 256 to the correct size of string in dataset
      int posDouble2 = pos + 256 + 8;

 //6) convert bytes to values
     string valString = Encoding.UTF8.GetString(data_to_read, posString, 256);
     double valDouble1 = BitConverter.ToDouble(data_to_read, posDouble1);
     double valDouble2 = BitConverter.ToDouble(data_to_read, posDouble2);

//7 And use these values for your csharp lists/arrays...

  }

我没有测试这段代码。它只是从我的重写写你的情况。希望这会有所帮助。

菲利普

阅读和操作HDF5文件

2 个答案: